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- PDB-8r4y: Homotrimer for the lumenal domain of Vacuolar Sorting Receptor 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4y
タイトルHomotrimer for the lumenal domain of Vacuolar Sorting Receptor 1 (VSR1)
要素Vacuolar-sorting receptor 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Vacuolar sorting receptor / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


amino-terminal vacuolar sorting propeptide binding / Golgi to vacuole transport / vacuolar transport / clathrin-coated vesicle membrane / protein targeting to vacuole / trans-Golgi network / late endosome / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum ...amino-terminal vacuolar sorting propeptide binding / Golgi to vacuole transport / vacuolar transport / clathrin-coated vesicle membrane / protein targeting to vacuole / trans-Golgi network / late endosome / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Vacuolar sorting receptor thioredoxin-like domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Vacuolar-sorting receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Borges, R.J. / Eldahshoury, M.K. / Nettleship, J. / Bird, L. / An, J. / Levada, A.J.L. / Shah, N. / Thomson, M. / Fontes, M.R.M. / Owens, R. ...Borges, R.J. / Eldahshoury, M.K. / Nettleship, J. / Bird, L. / An, J. / Levada, A.J.L. / Shah, N. / Thomson, M. / Fontes, M.R.M. / Owens, R. / Denecke, J. / Postis, V. / Uson, I. / Goldman, A. / De Marcos Lousa, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustF/10 105/E 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Vacuolar Sorting Receptor 1 (VSR1) lumenal domain reveals a stable domain-swapped trimer and a potential new cargo binding site
著者: Borges, R.J. / Eldahshoury, M.K. / Nettleship, J. / Bird, L. / An, J. / Levada, A.J.L. / Shah, N. / Thomson, M. / Fontes, M.R.M. / Owens, R. / Denecke, J. / Postis, V. / Uson, I. / Goldman, A. ...著者: Borges, R.J. / Eldahshoury, M.K. / Nettleship, J. / Bird, L. / An, J. / Levada, A.J.L. / Shah, N. / Thomson, M. / Fontes, M.R.M. / Owens, R. / Denecke, J. / Postis, V. / Uson, I. / Goldman, A. / De Marcos Lousa, C.
履歴
登録2023年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar-sorting receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5735
ポリマ－60,2021
非ポリマー1,3714
水00
1
A: Vacuolar-sorting receptor 1
ヘテロ分子

A: Vacuolar-sorting receptor 1
ヘテロ分子

A: Vacuolar-sorting receptor 1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Kim et al 2010 show with gel filtration column chromatography, chemical cross-linking and coimmunoprecipitation experiments that the VSR1 behaves as a trimer.
  • 185 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,72015
ポリマ－180,6063
非ポリマー4,11412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area11810 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area63540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.477, 141.477, 141.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Vacuolar-sorting receptor 1 / AtVSR1 / BP80-like protein b / AtBP80b / Epidermal growth factor receptor-like protein 1 / AtELP / ...AtVSR1 / BP80-like protein b / AtBP80b / Epidermal growth factor receptor-like protein 1 / AtELP / AtELP1 / Spot 3 protein


分子量: 60202.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VSR1, BP80B, ELP, ELP1, At3g52850, F8J2.20 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P93026
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.73 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 20% v/v glycerol ethoxylate, 10% v/v tetrahydrofuran

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9796
シンクロトロンDiamond I2323.024
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2019年7月18日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2024年6月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
23.0241
反射解像度: 3.51→49.96 Å / Num. obs: 12055 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 137.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 30.14
反射 シェル解像度: 3.51→3.72 Å / 冗長度: 28.8 % / Num. unique obs: 1908 / CC1/2: 0.301 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDS20180409データ削減
XDS20180409データスケーリング
Arcimboldo位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHASER位相決定
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.51→47.16 Å / SU ML: 0.6607 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.7215
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 602 5 %
Rwork0.2558 11430 -
obs0.2566 12032 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 133.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 0 89 0 3454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48854811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.54991389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.51-3.860.43411460.36972784X-RAY DIFFRACTION98.52
3.86-4.420.30491500.32847X-RAY DIFFRACTION100
4.43-5.570.24531500.26262845X-RAY DIFFRACTION99.93
5.57-47.160.24681560.2192954X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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