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- PDB-8r4x: Structure of Chitinase-3-like protein 1 in complex with inhibitor 30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4x
タイトルStructure of Chitinase-3-like protein 1 in complex with inhibitor 30
要素Chitinase-3-like protein 1
キーワードHYDROLASE / Chitinase-3-like-1 / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / cartilage development / extracellular matrix structural constituent / chitin catabolic process / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / extracellular matrix ...response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / cartilage development / extracellular matrix structural constituent / chitin catabolic process / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / extracellular matrix / response to interleukin-1 / positive regulation of interleukin-8 production / lung development / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chitinase-3-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Nowak, E. / Napiorkowska-Gromadzka, A. / Nowotny, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Regional Development FundPOIR.01.01.01-00-0552/16European Union
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Discovery of High-Affinity Small Molecule Ligands and Development of Tool Probes to Study the Role of Chitinase-3-Like Protein 1.
著者: Czestkowski, W. / Krzeminski, L. / Piotrowicz, M.C. / Mazur, M. / Pluta, E. / Andryianau, G. / Koralewski, R. / Matyszewski, K. / Olejniczak, S. / Kowalski, M. / Lisiecka, K. / Koziel, R. / ...著者: Czestkowski, W. / Krzeminski, L. / Piotrowicz, M.C. / Mazur, M. / Pluta, E. / Andryianau, G. / Koralewski, R. / Matyszewski, K. / Olejniczak, S. / Kowalski, M. / Lisiecka, K. / Koziel, R. / Piwowar, K. / Papiernik, D. / Nowotny, M. / Napiorkowska-Gromadzka, A. / Nowak, E. / Niedzialek, D. / Wieczorek, G. / Siwinska, A. / Rejczak, T. / Jedrzejczak, K. / Mulewski, K. / Olczak, J. / Zaslona, Z. / Golebiowski, A. / Drzewicka, K. / Bartoszewicz, A.
履歴
登録2023年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase-3-like protein 1
B: Chitinase-3-like protein 1
C: Chitinase-3-like protein 1
D: Chitinase-3-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,23832
ポリマ－170,6974
非ポリマー4,54128
水25,7611430
1
A: Chitinase-3-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,95410
ポリマ－42,6741
非ポリマー1,2799
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitinase-3-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8389
ポリマ－42,6741
非ポリマー1,1648
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chitinase-3-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6175
ポリマ－42,6741
非ポリマー9424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chitinase-3-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8298
ポリマ－42,6741
非ポリマー1,1557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.180, 121.390, 134.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Chitinase-3-like protein 1


分子量: 42674.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHI3L1 / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P36222
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1454分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-XZ0 / (2~{S},5~{S})-4-[1-(4-chloranylpyridin-2-yl)piperidin-4-yl]-5-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-methyl-morpholine


分子量: 420.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27Cl2N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate and 0.1 M DTT, 0.01 M yttrium chloride hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 259748 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 23.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.54→1.63 Å / Num. unique obs: 39317 / CC1/2: 0.648

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→36.03 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 2723 1.05 %
Rwork0.1698 --
obs0.17 259415 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→36.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11293 0 303 1430 13026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01612034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42416324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9961766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0951758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0242080
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.570.43271250.389611827X-RAY DIFFRACTION87
1.57-1.60.34131350.329512664X-RAY DIFFRACTION94
1.6-1.630.32041410.287613310X-RAY DIFFRACTION98
1.63-1.670.31661450.248613575X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.70.24841440.216413546X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.750.22421420.204613509X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.790.24861440.194413574X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.850.21741450.192813559X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.910.2291440.187713563X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.980.20941440.175113611X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.050.19061450.16913619X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.150.18221430.158313620X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.260.17541440.159213628X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.40.19851460.163813711X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.590.19821450.165813714X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.850.15441460.165313695X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.260.19821460.167313806X-RAY DIFFRACTION100
3.26-4.110.17581480.150213885X-RAY DIFFRACTION100
4.11-36.030.15791510.153414276X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.4991 Å / Origin y: 1.1882 Å / Origin z: 33.6015 Å
111213212223313233
T0.1738 Å20.0022 Å2-0.0049 Å2-0.1842 Å20.0042 Å2--0.1819 Å2
L0.3111 °20 °2-0.0108 °2-0.3997 °2-0.0018 °2--0.3029 °2
S0.0035 Å °0.0007 Å °-0.0058 Å °0.0027 Å °-0.0071 Å °0.0062 Å °-0.0041 Å °-0.0559 Å °0.0044 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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