PDB-8r4n: Crystal structure of neutralizing Fab Eq4.Dp46-3A from equine ant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r4n

タイトル

Crystal structure of neutralizing Fab Eq4.Dp46-3A from equine antivenom bound to short chain three finger alpha-neurotoxin from Dendroaspis polylepis.

要素

Eq4.Dp46-3A heavy chain
Eq4.Dp46-3A lambda chain
Short neurotoxin 1

キーワード

ANTITOXIN / Monoclonal antibody / antivenom / complex / short chain alpha-neurotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

Dendroaspis polylepis (コブラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wibmer, C.K.

資金援助

米国,

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A monoclonal antibody from horses that neutralizes long and short chain three finger neurotoxins
著者: Wibmer, C.K.

履歴

登録	2023年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r4n.cif.gz	273.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r4n.ent.gz	223.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

H: Eq4.Dp46-3A heavy chain

L: Eq4.Dp46-3A lambda chain

N: Short neurotoxin 1

55.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Complex purified on S200. Binding of Fab to chain N confirmed by ELISA and in vitro neutralisation assays.

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.623, 104.623, 216.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-318- HOH
2	1	L-376- HOH
3	1	L-382- HOH
4	1	L-389- HOH
5	1	L-408- HOH
6	1	L-409- HOH

#1: タンパク質	Eq4.Dp46-3A heavy chain 分子量: 24941.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Antigen specific memory / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 組織: Blood / Cell: B cell / 遺伝子: IgHV / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): expiCHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Eq4.Dp46-3A lambda chain 分子量: 22831.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Antigen specific memory / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 組織: Blood / Cell: B cell / 遺伝子: IgHV / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): expiCHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質	Short neurotoxin 1 分子量: 7715.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendroaspis polylepis (コブラ) / 組織: Venom / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): expiCHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P01416
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M SPG buffer (pH9.0), 50% PEG1500 / PH範囲: 8.5-9.5 / Temp details: Wine cabinet

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30760 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 47.56 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1052 / R_pim(I) all: 0.01217 / R_rim(I) all: 0.1059 / Net I/σ(I): 30.87
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2869 / CC_1/2: 0.89 / CC star: 0.97 / R_pim(I) all: 0.1856 / R_rim(I) all: 1.098 / % possible all: 93.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2.multiplex		データ削減
xia2.multiplex		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	2836	4.98 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.2061	30760	98.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3549	0	0	201	3750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.073	518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	573
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.24	0.3424	128	0.276	2436	X-RAY DIFFRACTION	88
2.24-2.28	0.255	138	0.2524	2564	X-RAY DIFFRACTION	92
2.28-2.32	0.2342	135	0.2374	2612	X-RAY DIFFRACTION	94
2.32-2.37	0.2668	143	0.2313	2618	X-RAY DIFFRACTION	95
2.37-2.42	0.2482	140	0.2294	2659	X-RAY DIFFRACTION	97
2.42-2.48	0.2556	143	0.2213	2686	X-RAY DIFFRACTION	96
2.48-2.54	0.2356	141	0.2234	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
2.54-2.61	0.2738	139	0.248	2732	X-RAY DIFFRACTION	98
2.61-2.68	0.2543	143	0.2181	2742	X-RAY DIFFRACTION	98
2.68-2.77	0.2948	140	0.2331	2702	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-2.87	0.2795	147	0.2226	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.87-2.98	0.245	146	0.2174	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.12	0.2568	148	0.2332	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
3.12-3.28	0.2933	148	0.2305	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.49	0.2689	138	0.2065	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.76	0.2098	140	0.1855	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.14	0.1697	149	0.1867	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.74	0.2075	140	0.1657	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.96	0.1809	142	0.1734	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
5.97-50	0.222	148	0.2183	2776	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.924	-0.5199	-1.0298	2.4157	0.8384	3.7541	-0.2111	-0.5731	-0.016	0.1625	0.0261	0.4924	-0.0817	-0.4023	-0.0005	0.3524	0.115	0.0071	0.7236	-0.0169	0.5933	-33.386	-38.365	-39.827
2	4.3426	-1.5618	-0.5385	2.0642	0.5319	3.031	-0.0607	-0.6928	2.2011	0.0529	-0.0538	0.1445	-0.9789	0.0987	-0.0355	0.9875	0.1934	0.0398	1.2359	-0.1009	0.8712	-17.66	-27.231	-13.908
3	3.251	-0.8767	0.4978	2.2447	0.397	2.4652	-0.1555	-0.5203	-0.2814	0.2387	0.1961	0.1221	0.1387	0.0491	0.0001	0.3347	0.0597	0.0319	0.4208	0.0626	0.338	-14.784	-47.698	-42.451
4	1.5735	1.8761	0.5596	2.4717	1.199	2.6416	-0.2122	-1.927	-1.1917	0.7774	0.1649	-0.2379	1.7158	0.2644	-0.0902	1.2863	0.3618	-0.0756	1.7667	0.1289	0.5131	-9.345	-39.235	-8.506
5	1.6044	-0.111	-1.3509	0.972	0.4154	1.3878	-0.2499	0.7104	-0.869	-0.8512	-0.0499	0.2977	0.4357	-0.5662	-0.0011	0.7817	-0.1095	-0.1035	0.6677	-0.1348	0.9394	-27.446	-58.683	-66.085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:126 )	H	1 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 127:211 )	H	127 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:113 )	L	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 114:210 )	L	114 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN N AND RESID 1:60 )	N	1 - 60

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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