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- PDB-8r4l: CSP1 M48L mutant without Iodide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4l
タイトルCSP1 M48L mutant without Iodide
要素Four-helix bundle copper-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / COPPER BINDING PROTEIN / METHANE OXIDATION / COPPER STORAGE / METHANOTROPHS / PARTICULATE METHANE MONOOXYGENASE
機能・相同性Twin-arginine translocation signal, Cys-rich four helix bundle protein / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / identical protein binding / COPPER (II) ION / COPPER (I) ION / Four-helix bundle copper-binding protein
機能・相同性情報
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Basle, A. / David, S. / Dennison, C.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The replacement of a Met ligand by iodide in a copper storage protein is stabilised by an unusual Cu(I)2-anion-pi interaction
著者: David, S. / Dalton, R.A. / Basle, A. / Crowley, P.B. / Dennison, C.
履歴
登録2023年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Four-helix bundle copper-binding protein
B: Four-helix bundle copper-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,89929
ポリマ-25,1832
非ポリマー1,71627
57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area12210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)94.579, 41.755, 53.739
Angle α, β, γ (deg.)90, 95.588, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1014-

CU

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 12 - 122 / Label seq-ID: 12 - 122

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Four-helix bundle copper-binding protein


分子量: 12591.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12740
発現宿主: Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D105
#2: 化合物...
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / : Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 plus 14% v/v 2-methyl-2,4 pentanediol (racemic), 14% w/v PEG 1000, 14% w/v PEG 3350, 0.03 M MgCl2 and 0.03 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.17 Å / Num. obs: 14161 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
8.94-38.172.3141610.9821
2-2.052.710170.3281

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→38.168 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 6.954 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 671 4.738 %
Rwork0.2202 13490 -
all0.223 --
obs-14161 98.91 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.092 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.728 Å2-0 Å20.013 Å2
2---1.536 Å2-0 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 27 32 1635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0121598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.812154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5521.7523458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3045220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.95552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77510262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.6161054
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.243
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2040.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1580.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1450.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2110.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4713.601886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.473.601886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3826.4581104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3826.4631105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0474.307712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0484.308712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6937.6151050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.6897.6191051
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.1533.9261858
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.15533.3341854
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0670.053219
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.067230.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.067230.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0520.595390.4939720.49810340.7490.82697.77560.342
2.052-2.1080.523520.4579480.46110220.7920.8297.84740.331
2.108-2.1690.332530.4019350.3979990.9170.86298.89890.296
2.169-2.2350.277400.3358950.3329550.9430.90997.90580.284
2.235-2.3080.341340.3048940.3059460.8690.90798.09730.246
2.308-2.3890.31310.2248520.2278870.9380.9699.5490.21
2.389-2.4790.273350.1868400.1898830.9640.97699.0940.19
2.479-2.580.274330.1898150.1928520.9560.97799.53050.194
2.58-2.6940.249320.1847740.1878080.9640.9899.75250.188
2.694-2.8250.229500.1657110.1697700.970.98398.83120.171
2.825-2.9760.194380.1567010.1587450.9790.98599.19460.169
2.976-3.1560.205250.1666620.1686940.9790.98298.99140.182
3.156-3.3720.249400.1566180.1626620.960.98399.39580.179
3.372-3.640.156350.1585600.1586040.9860.98498.50990.181
3.64-3.9840.217310.165470.1635800.970.98599.65520.182
3.984-4.4480.229280.1734850.1765140.9610.98399.80550.211
4.448-5.1240.251250.1744360.1774630.9520.98399.5680.219
5.124-6.2480.255210.1983690.2023910.9660.97699.74420.237
6.248-8.720.268180.173000.1753180.9590.9831000.226
8.72-38.1680.301110.211760.2161880.9810.97899.46810.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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