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万見
- PDB-8r4f: Crystal structure of the native copper efflux oxidase (CueO) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4f
タイトルCrystal structure of the native copper efflux oxidase (CueO) from Hafnia alvei
要素Copper efflux oxidase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / bacterial copper hemostasis / multi copper oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


cuproxidase / oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Multicopper oxidase CueO
類似検索 - 構成要素
生物種Hafnia alvei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.186 Å
データ登録者Leone, P. / Contaldo, U.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the native copper efflux oxidase (CueO) from Hafnia alvei
著者: Leone, P. / Contaldo, U.
履歴
登録2023年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper efflux oxidase
B: Copper efflux oxidase
C: Copper efflux oxidase
D: Copper efflux oxidase
E: Copper efflux oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,67521
ポリマ－288,6685
非ポリマー1,00816
水5,314295
1
A: Copper efflux oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9234
ポリマ－57,7341
非ポリマー1893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Copper efflux oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9855
ポリマ－57,7341
非ポリマー2514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Copper efflux oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9234
ポリマ－57,7341
非ポリマー1893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Copper efflux oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9234
ポリマ－57,7341
非ポリマー1893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Copper efflux oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9234
ポリマ－57,7341
非ポリマー1893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.530, 167.277, 229.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Copper efflux oxidase


分子量: 57733.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hafnia alvei (バクテリア) / 遺伝子: cueO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377PPH3
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Sodium citrate/ Citric acid pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→47 Å / Num. obs: 59157 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.18→3.36 Å / Num. unique obs: 8526 / CC1/2: 0.715

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (26-JUL-2023)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.186→46.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.432
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2463 2993 5.07 %RANDOM
Rwork0.2165 ---
obs0.218 59083 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.8489 Å20 Å20 Å2
2--11.773 Å20 Å2
3---4.0759 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.186→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18269 0 34 295 18598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00718762HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.925447HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6418SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3123HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18762HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14983SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.21 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 -5.75 %
Rwork0.3293 1114 -
all0.3355 1182 -
obs--96.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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