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万見
- PDB-8r3x: Crystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r3x
タイトルCrystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide
要素
  • LLGL scribble cell polarity complex component 2
  • Protein kinase C iota type
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Kinase / Polarity / Kinase substrate complex.
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / Golgi vesicle budding / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / PAR polarity complex / Tight junction interactions / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase C / establishment of apical/basal cell polarity / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity ...establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / Golgi vesicle budding / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / PAR polarity complex / Tight junction interactions / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase C / establishment of apical/basal cell polarity / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / L-leucine transport / myosin II binding / negative regulation of glial cell apoptotic process / regulation of Notch signaling pathway / eye photoreceptor cell development / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Schmidt-Lanterman incisure / Golgi to plasma membrane transport / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / cellular response to chemical stress / membrane organization / cell-cell junction organization / tight junction / cortical actin cytoskeleton organization / protein targeting to membrane / labyrinthine layer blood vessel development / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of Notch signaling pathway / establishment of cell polarity / cell leading edge / exocytosis / brush border / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / bicellular tight junction / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / p75NTR recruits signalling complexes / intercellular bridge / vesicle-mediated transport / cytoskeleton organization / secretion / response to interleukin-1 / GTPase activator activity / actin filament organization / post-embryonic development / protein localization to plasma membrane / positive regulation of D-glucose import / adherens junction / positive regulation of protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of neuron projection development / phospholipid binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Schaffer collateral - CA1 synapse / multicellular organism growth / cellular response to insulin stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / cell migration / microtubule cytoskeleton / negative regulation of neuron apoptotic process / protein phosphorylation / protein kinase activity / endosome / intracellular signal transduction / cilium / apical plasma membrane / Golgi membrane / cell division / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : ...Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C iota type / LLGL scribble cell polarity complex component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.591 Å
データ登録者Soriano, E.V. / Earl, C.P. / Briggs, D.C. / McDonald, N.Q.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome TrustCC2068 英国
Cancer Research UKCC2026 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2068 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Capture, mutual inhibition and release mechanism for aPKC-Par6 and its multisite polarity substrate Lgl.
著者: Christopher P Earl / Mathias Cobbaut / André Barros-Carvalho / Marina E Ivanova / David C Briggs / Eurico Morais-de-Sá / Peter J Parker / Neil Q McDonald /
要旨: The mutually antagonistic relationship of atypical protein kinase C (aPKC) and partitioning-defective protein 6 (Par6) with the substrate lethal (2) giant larvae (Lgl) is essential for regulating ...The mutually antagonistic relationship of atypical protein kinase C (aPKC) and partitioning-defective protein 6 (Par6) with the substrate lethal (2) giant larvae (Lgl) is essential for regulating polarity across many cell types. Although aPKC-Par6 phosphorylates Lgl at three serine sites to exclude it from the apical domain, aPKC-Par6 and Lgl paradoxically form a stable kinase-substrate complex, with conflicting roles proposed for Par6. We report the structure of human aPKCι-Par6α bound to full-length Llgl1, captured through an aPKCι docking site and a Par6 contact. This complex traps a phospho-S663 Llgl1 intermediate bridging between aPKC and Par6, impeding phosphorylation progression. Thus, aPKCι is effectively inhibited by Llgl1 while Llgl1 is captured by aPKCι-Par6. Mutational disruption of the Lgl-aPKC interaction impedes complex assembly and Lgl phosphorylation, whereas disrupting the Lgl-Par6 contact promotes complex dissociation and Lgl phosphorylation. We demonstrate a Par6-regulated substrate capture-and-release model requiring binding by active Cdc42 and the apical partner Crumbs to drive complex disassembly. Our results suggest a mechanism for mutual regulation and spatial control of aPKC-Par6 and Lgl activities.
履歴
登録2023年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C iota type
B: Protein kinase C iota type
C: LLGL scribble cell polarity complex component 2
D: LLGL scribble cell polarity complex component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9384
ポリマ－86,9384
非ポリマー00
水724
1
A: Protein kinase C iota type
C: LLGL scribble cell polarity complex component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4692
ポリマ－43,4692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
2
B: Protein kinase C iota type
D: LLGL scribble cell polarity complex component 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4692
ポリマ－43,4692
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area16610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.418, 86.324, 114.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Protein kinase C iota type / Atypical protein kinase C-lambda/iota / PRKC-lambda/iota / aPKC-lambda/iota / nPKC-iota


分子量: 40981.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCI, DXS1179E / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41743, protein kinase C
#2: タンパク質・ペプチド LLGL scribble cell polarity complex component 2 / HGL / Lethal(2) giant larvae protein homolog 2


分子量: 2488.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1M3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus Condition: 25% (v/v) MPD, 25% (v/v) PEG 1000, 25% (v/v) PEG 3350, 0.3 M NaNO3, 0.3 M Na2HPO4, 0.3 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: ACCEL Fixed exit Double Crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→114.8 Å / Num. obs: 24903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 55.91 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.59→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1203 / CC1/2: 0.269

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
xia23.8.6データ削減
DIALS3.8データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.591→68.995 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.183 / Average fsc free: 0.9286 / Average fsc work: 0.9386 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.802 / ESU R Free: 0.35
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 1234 4.98 %
Rwork0.2319 23544 -
all0.234 --
obs-24778 99.618 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 65.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.217 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.671 Å20 Å2
3---2.454 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.591→68.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5710 0 0 4 5714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0125851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.8387904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9355698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.442542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.586101030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.88210308
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.22159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.23936
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1930.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1290.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9916.3992798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.95611.5513491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9986.6613053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.19312.1664412
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.01769.9178122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.591-2.6580.3731110.37816750.37818200.8740.86798.13190.394
2.658-2.7310.419610.38316820.38417580.8410.87599.14680.397
2.731-2.810.374690.35516360.35517120.9050.89699.59110.365
2.81-2.8960.356750.33415690.33516550.8990.90399.33540.34
2.896-2.9910.309730.32515500.32516310.9260.92399.50950.322
2.991-3.0960.369860.31514710.31815620.9150.92599.67990.305
3.096-3.2130.38620.27714480.2815140.9030.94299.73580.264
3.213-3.3440.319820.26713740.2714580.9350.94899.86280.237
3.344-3.4920.307730.25913210.26213960.9330.95599.85670.23
3.492-3.6620.274710.24212690.24413410.9460.96399.92540.213
3.662-3.8590.239660.2212090.22112760.9560.9799.92160.192
3.859-4.0930.25550.20811890.2112440.9520.9721000.181
4.093-4.3740.25580.18210770.18511350.9630.981000.157
4.374-4.7230.263540.17310140.17610690.9650.98299.90650.146
4.723-5.1710.212760.1639140.1679910.9650.98499.89910.133
5.171-5.7780.259400.1988780.29200.9720.97699.78260.162
5.778-6.6640.252390.2167630.2188030.9510.97499.87550.182
6.664-8.1420.187310.1666580.1676890.9820.9841000.136
8.142-11.4350.143270.1525290.1525560.9890.9861000.139
11.435-68.9950.304250.2543170.2573420.9460.9581000.238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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