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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r3b | ||||||
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タイトル | Cocrystal form I of the Pent - sulfonato-calix[8]arene complex | ||||||
要素 | Beta propeller | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / beta propeller / mutivalent / synthetic construct | ||||||
機能・相同性 | Tachylectin 2 / Tachylectin 2 superfamily / Tachylectin / sulfonato-calix[8]arene / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Beta propeller 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage L1 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Flood, R.J. / Crowley, P.B. | ||||||
資金援助 | アイルランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2024 タイトル: Multivalent Calixarene Complexation of a Designed Pentameric Lectin. 著者: Flood, R.J. / Cerofolini, L. / Fragai, M. / Crowley, P.B. #1: ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: De Novo Evolutionary Emergence of a Symmetrical Protein Is Shaped by Folding Constraints. 著者: Smock, R.G. / Yadid, I. / Dym, O. / Clarke, J. / Tawfik, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r3b.cif.gz | 80.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r3b.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r3b_validation.pdf.gz | 926.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r3b_full_validation.pdf.gz | 926.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8r3b_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r3b_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r3b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r3cC 8r3dC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5327.980 Da / 分子数: 5 / 変異: N33K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage L1 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140UHM9 #2: 化合物 | ChemComp-EVB / | #3: 糖 | ChemComp-NDG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 % / 解説: Plate |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 1000 10% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98013 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→49.98 Å / Num. obs: 30163 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.9 % / Biso Wilson estimate: 23.26 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 24.7 % / Rmerge(I) obs: 1.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1490 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 1.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→49.98 Å / SU ML: 0.2621 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.6127 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→49.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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