PDB-8r3a: NT-26 Arsenite oxidase B F108C-G123C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r3a

タイトル

NT-26 Arsenite oxidase B F108C-G123C

要素

AroA
Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

キーワード

OXIDOREDUCTASE / arsenite oxidase / Rieske [2Fe-2S] centre

機能・相同性

機能・相同性情報

arsenate reductase (azurin) / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / NADH dehydrogenase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.894 Å

データ登録者

Engrola, F. / Santos-Silva, T. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NT-26 Arsenite oxidase B F108C-G123C
著者: Engrola, F. / Santos-Silva, T.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r3a.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r3a.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r3a	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: AroA

B: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

C: AroA

D: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

E: AroA

F: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

G: AroA

H: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

ヘテロ分子

460 kDa, 8 ポリマー
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1

A: AroA

B: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
115 kDa, 2 ポリマー
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2

C: AroA

D: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

ヘテロ分子

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115 kDa, 2 ポリマー
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3

E: AroA

F: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

ヘテロ分子

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116 kDa, 2 ポリマー
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4

G: AroA

H: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.607, 148.928, 231.901
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1097- HOH
2	1	G-1355- HOH
3	1	G-1545- HOH
4	1	G-1565- HOH
5	1	G-1592- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	TYR	TYR	A	2 - 842	2 - 842
2	1	1	ALA	ALA	TYR	TYR	A	2 - 842	2 - 842
3	2	2	ALA	ALA	TYR	TYR	A	2 - 842	2 - 842
4	2	2	ALA	ALA	TYR	TYR	A	2 - 842	2 - 842
5	3	3	ALA	ALA	TYR	TYR	A	2 - 842	2 - 842
6	3	3	ALA	ALA	TYR	TYR	A	2 - 842	2 - 842
7	4	4	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
8	4	4	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
9	5	5	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
10	5	5	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
11	6	6	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
12	6	6	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
13	7	7	ALA	ALA	SER	SER	A - I	2 - 901	2
14	7	7	ALA	ALA	SER	SER	A - I	2 - 901	2
15	8	8	ALA	ALA	SER	SER	A - I	2 - 901	2
16	8	8	ALA	ALA	SER	SER	A - I	2 - 901	2
17	9	9	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
18	9	9	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
19	10	10	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
20	10	10	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
21	11	11	ALA	ALA	SER	SER	A - I	2 - 901	2
22	11	11	ALA	ALA	SER	SER	A - I	2 - 901	2
23	12	12	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175
24	12	12	GLN	GLN	GLY	GLY	A	43 - 175	43 - 175

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	AroA 分子量: 93381.633 Da / 分子数: 4 / 変異: F108C-G123C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア) 遺伝子: aroA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VAL8
#2: タンパク質	Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster 分子量: 18340.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア) 遺伝子: aioB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0NMC5

-
非ポリマー , 13種, 2641分子

#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#4: 化合物	ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION 分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE 分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₁₀O₁₃P₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#10: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#12: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#15: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2M ammonium sulphate, 0.1 M Hepes pH 7.5 and 2% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→49.32 Å / Num. obs: 384388 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.98
反射シェル	解像度: 1.89→2.01 Å / Num. unique obs: 60388 / CC_1/2: 0.636

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.894→49.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.092 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1854	16000	5.004 %
R_work	0.1523	365109	-
all	0.154	-	-
obs	-	300000	99.431 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.007 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.894→49.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30162	0	767	2569	33498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	32162
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	29471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.046	1.824	43641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.698	1.761	67836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.968	5	4016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.967	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.163	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.512	10	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.425	10	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	39029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	6424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	28738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	15844
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	16984
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.099	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.144	2.627	15911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.144	2.627	15911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.739	4.702	19978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.74	4.702	19979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.941	3.015	16251
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.941	3.016	16252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.785	5.318	23631
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.785	5.318	23632
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.305	24.828	36606
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.258	24.555	36050
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	29029
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.064	0.05	29055
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.064	0.05	29026
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.032	0.05	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.048	0.05	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.033	0.05	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.055	0.05	29217
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.058	0.05	29105
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.047	0.05	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.031	0.05	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.057	0.05	28965
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.049	0.05	4019

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0664	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0664	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06394	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06394	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06384	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06384	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0324	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0324	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0484	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0484	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03326	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03326	0.0501
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05467	0.0501
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05467	0.0501
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05796	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05796	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04674	0.05009
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04674	0.05009
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03078	0.0501
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03078	0.0501
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05675	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05675	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04858	0.0501
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04858	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.894-1.943	0.371	1372	0.357	20000	X-RAY DIFFRACTION	94.3623
1.943-1.996	0.307	1401	0.298	20000	X-RAY DIFFRACTION	99.8915
1.996-2.054	0.286	1275	0.263	25510	X-RAY DIFFRACTION	99.7542
2.054-2.117	0.247	1279	0.214	20000	X-RAY DIFFRACTION	99.9464
2.117-2.187	0.223	1308	0.183	20000	X-RAY DIFFRACTION	99.9448
2.187-2.263	0.203	1157	0.168	23345	X-RAY DIFFRACTION	99.947
2.263-2.348	0.197	1197	0.154	20000	X-RAY DIFFRACTION	99.9493
2.348-2.444	0.185	1210	0.146	20000	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.444-2.552	0.18	1074	0.138	20000	X-RAY DIFFRACTION	99.7435
2.552-2.677	0.181	1078	0.136	19817	X-RAY DIFFRACTION	99.6709
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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