PDB-8r31: Structure of CTX-M-15 complexed with benzoxaborole AK-412

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r31

タイトル

Structure of CTX-M-15 complexed with benzoxaborole AK-412

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Inhibitor / beta-lactamase / SBL / antibiotic resistance / boronate

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of CTX-M-15 complexed with benzoxaborole AK-412
著者: Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r31.cif.gz	202.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r31.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r31_validation.pdf.gz	759.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r31_full_validation.pdf.gz	760.6 KB	表示
XML形式データ	8r31_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	8r31_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.490, 45.580, 117.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28292.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaCTX-M-15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Solu / 参照: UniProt: G3G192, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 227分子

#2: 化合物	ChemComp-XQN / 4-chloranyl-N-[[(3S)-1-oxidanyl-3H-2,1$l^{4}-benzoxaborol-3-yl]methyl]benzenesulfonamide 分子量: 337.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₃BClNO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.6741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→35.48 Å / Num. obs: 29612 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.13 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2163 / CC_1/2: 0.293 / R_pim(I) all: 0.943 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定
xia2		データスケーリング
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.65→35.48 Å / SU ML: 0.2104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.4114
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2119	1460	4.94 %
R_work	0.175	28080	-
obs	0.1768	29540	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1963	0	41	219	2223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	2114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0612	2884
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0573	331
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0122	381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8301	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.71	0.3455	131	0.3063	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.71-1.78	0.3616	145	0.2961	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.78-1.86	0.3041	143	0.2513	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.96	0.2343	150	0.2188	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.96-2.08	0.2418	154	0.1885	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.24	0.2145	157	0.1693	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.46	0.1979	148	0.1479	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.46-2.82	0.1783	137	0.141	2796	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.82-3.55	0.1631	119	0.1354	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-35.48	0.1952	176	0.1715	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.70616345556	3.71402512503	-4.2757446238	4.22397082957	-2.5452738112	5.67790730835	-0.428713260205	0.287305631408	-0.717470366397	-0.675515560853	0.131112948054	-0.629602674762	0.645588806378	0.129205920344	0.294599459952	0.233322205367	0.0265012907236	0.035008930355	0.224807470374	-0.0281726816333	0.224777113744	5.52242975386	-21.8163997904	4.1690264071
2	1.65126140265	-0.261859298859	-0.584799011305	1.76111775521	0.389434602236	1.2313355267	-0.0740639515954	-0.183749701131	-0.0861040656231	0.193210220037	0.0315604081296	0.0515996762847	0.134643878319	0.133811981559	0.0416975370636	0.166804161155	0.00448292186938	-0.0136951702146	0.160864265882	0.0172152902542	0.0967266018918	-1.95054637429	-14.9361994049	21.6024967588
3	5.86203333975	3.09605047386	-1.50323015866	2.00105221983	-4.95525343048	5.5668557787	0.188306398724	-0.32602768674	0.286592265489	1.11184049954	0.240268028753	1.06123740358	-0.641448512176	-0.345950660928	-0.422280341964	0.249233845587	0.0217207613035	0.0777504547002	0.218026063299	-0.0572061713011	0.232734037763	-17.0963163743	2.41809053696	29.9899098804
4	3.58905062444	-0.381484660309	-3.48384546768	6.75348228719	3.90213586929	9.50949684785	0.0703553406545	0.390314104961	0.210775241621	-0.46918571802	-0.171014487133	0.806621357024	-0.618867931858	-0.524861430552	0.0997810419041	0.240860334665	0.0346260331826	-0.0663979533327	0.18324312289	0.0377391481977	0.268639343442	-16.1460748328	5.98620838742	16.7552138739
5	1.10807035117	-0.285636646814	-0.142475040943	1.88660890339	0.284129768753	0.480499916942	0.00309202376111	-0.123139734262	0.0213205375837	0.100835394602	0.0228506027524	-0.000704158769864	-0.0475888825663	0.0656693230618	-0.0252529563909	0.167913358291	-0.00879301456003	0.00567292509531	0.171808721985	-3.57125969504E-6	0.111498340598	-3.09062821033	-6.85386141874	22.8484515273
6	4.70717763931	-2.66825298562	-0.333812718183	4.31234449461	0.0104668276069	6.14123538853	0.0277705666263	-0.183903820367	-0.47147584567	0.316343091715	0.125601450674	0.570239278702	0.434901631689	-0.315814882575	-0.154092947757	0.172129650045	-0.0497787463423	0.0187629945886	0.133842997251	0.0120959265481	0.188731146874	-14.0638773979	-17.9016906531	25.962390159
7	1.12318716014	-0.106286685139	0.225618981567	0.980331370527	0.361960657259	1.84966184229	0.00164064380292	0.0234186735182	0.018140469705	-0.0760461475153	0.0106332860712	0.186882761695	0.0381237086975	-0.205454441601	-0.0136824631394	0.17640290701	0.00552071956112	-0.0142752273023	0.189029811142	-0.000415629307357	0.161439373555	-8.78311467592	-14.9148955543	9.77869274938
8	5.02028454319	5.61081605385	-2.88473187958	2.00564489486	-4.43119484454	3.89587397311	-0.156924146277	0.242317425078	0.0257963306646	-0.669513473953	0.240491461954	0.146432222742	0.276584779239	-0.0810219897475	-0.0638066158394	0.215352779014	0.0220567034786	0.0337213347146	0.168744801497	-0.0386234991858	0.160729279432	-2.55370667536	-15.8058689375	7.75258050422
9	7.23425134927	-2.08279640045	-1.83662080376	2.00007527076	-0.212492374256	9.55366581692	-0.144101398632	0.35408660428	-0.49110633607	-0.82064154219	0.125182240532	0.257447852295	0.781083014904	-0.261483305563	0.0200247169088	0.195057181062	-0.019591595329	-0.01738425381	0.202450227073	-0.0397480638312	0.125224662187	-3.65497541343	-21.5552249216	3.30288745016

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 27 through 51 )	27 - 51	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 52 through 86 )	52 - 86	26 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 87 through 101 )	87 - 101	61 - 75
4	4	chain 'A' and (resid 102 through 115 )	102 - 115	76 - 89
5	5	chain 'A' and (resid 116 through 194 )	116 - 194	90 - 168
6	6	chain 'A' and (resid 195 through 212 )	195 - 212	169 - 186
7	7	chain 'A' and (resid 213 through 250 )	213 - 250	187 - 224
8	8	chain 'A' and (resid 251 through 273 )	251 - 273	225 - 247
9	9	chain 'A' and (resid 274 through 288 )	274 - 288	248 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)