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- PDB-8r2q: Mycobacterium tuberculosis fatty acyl CoA synthetase, FadD5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r2q
タイトルMycobacterium tuberculosis fatty acyl CoA synthetase, FadD5
要素Probable fatty-acid-CoA ligase FadD5 (Fatty-acid-CoA synthetase) (Fatty-acid-CoA synthase)
キーワードLIGASE / FadD5 / Fatty acyl CoA synthetase / Mycobacterium tuberculosis / mce1 operon
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-thiol ligase activity / CoA-ligase activity
類似検索 - 分子機能
: / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable fatty-acid-CoA ligase FadD5 (Fatty-acid-CoA synthetase) (Fatty-acid-CoA synthase)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rahman, M.A. / Dalwani, S. / Venkatesan, R.
資金援助European Union, フィンランド, 6件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission713606European Union
Academy of Finland332967 フィンランド
Other privateSigrid Juselius Foundation
Other privateTampere Tuberculosis Foundation
Other governmentUniversity of Oulu
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural enzymological studies of the long chain fatty acyl-CoA synthetase FadD5 from the mce1 operon of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Rahman, M.A. / Dalwani, S. / Venkatesan, R.
履歴
登録2023年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable fatty-acid-CoA ligase FadD5 (Fatty-acid-CoA synthetase) (Fatty-acid-CoA synthase)
B: Probable fatty-acid-CoA ligase FadD5 (Fatty-acid-CoA synthetase) (Fatty-acid-CoA synthase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,0257
ポリマ－123,5652
非ポリマー4605
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area32490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.914, 120.914, 247.915
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable fatty-acid-CoA ligase FadD5 (Fatty-acid-CoA synthetase) (Fatty-acid-CoA synthase)


分子量: 61782.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: fadD5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O07411
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium formate, 20 % w/v SOKALAN CP 45

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→86.56 Å / Num. obs: 45898 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 79.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 4454 / CC1/2: 0.393 / Rpim(I) all: 0.868 / Rrim(I) all: 2.481 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→86.56 Å / SU ML: 0.495 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.4374
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 2345 5.11 %
Rwork0.2052 43520 -
obs0.2069 45865 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→86.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6248 0 30 53 6331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47748733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.00312296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.860.52811390.52832502X-RAY DIFFRACTION99.85
2.86-2.920.45261400.41172524X-RAY DIFFRACTION99.92
2.92-2.990.39491280.35532547X-RAY DIFFRACTION99.93
2.99-3.060.39721290.30262517X-RAY DIFFRACTION99.96
3.06-3.140.281390.26612533X-RAY DIFFRACTION99.78
3.14-3.240.25211370.24372541X-RAY DIFFRACTION99.89
3.24-3.340.32551420.24552526X-RAY DIFFRACTION99.81
3.34-3.460.26381510.2542544X-RAY DIFFRACTION99.67
3.46-3.60.28541620.27282491X-RAY DIFFRACTION99.62
3.6-3.760.25661210.19332566X-RAY DIFFRACTION99.59
3.76-3.960.24811350.17282544X-RAY DIFFRACTION99.55
3.96-4.210.17821510.16062545X-RAY DIFFRACTION99.52
4.21-4.540.20491310.16612577X-RAY DIFFRACTION99.49
4.54-4.990.17231270.16392581X-RAY DIFFRACTION99.19
4.99-5.710.20051290.18012619X-RAY DIFFRACTION99.13
5.71-7.20.25391450.19942613X-RAY DIFFRACTION98.75
7.2-86.560.18221390.1722750X-RAY DIFFRACTION97.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.97076777883-1.57062198025-0.2900262474254.94700614627-0.3120779979964.134553825890.0938054419585-0.165644658354-0.151956631236-0.0502338513757-0.255118896966-0.5646291402330.01434007191580.8167691178080.1316471110640.41564219411-0.0263144442321-0.07169313641460.5953848001410.09284385997590.675267357986-3.7856366970743.956366285736.9621053116
26.01911476423-1.439611909572.490126884873.22591404823-1.244722141897.58771724569-0.202681627348-0.116713236910.0951183197776-0.189508149509-0.175925739303-0.9574012945680.001856532138141.169001388760.2597343780250.5347458246220.0226489474214-0.02108062235040.6505911631840.1089611417120.793914675677-1.3082427688639.915642443333.8045239387
31.573513644730.7317249886290.402623165181.9255919605-0.05070265962662.60503286805-0.00552609856761-0.0521618676387-0.15566997183-0.0307149776193-0.01170492416930.06078725912420.205158457034-0.09719007820580.01740167779370.5620819378340.0156223005353-0.012441167310.3824332184450.05930549396250.521557000547-26.629969965734.46353530334.5475793744
42.474375420810.327030512187-0.3876727367595.80672362521-2.721426178855.28201622217-0.05595595232760.6142553351680.0458840559396-0.5646610922910.3633499941010.282453380260.388397935768-0.700960556742-0.315395830160.474553462278-0.0706191836138-0.05918709567430.605693366210.1007346664250.485338471114-35.91269858955.57708514520.0932244991459
55.646578121951.76552099735-2.076220364042.15871077761-1.886251459667.17808527857-0.0551504963252-0.0938362017087-0.11646866990.300838993632-0.00502701765153-0.0599569302091-0.0006535554304790.3214393441530.07842668122430.4231327537810.0167398717415-0.03606928494180.3426029490390.01074975527120.529516207289-28.499243733558.53032035916.0196481926
62.130142821820.6450163341960.8247277217552.41469779350.3113842597121.800021159040.022725714297-0.2135847119880.3029341051030.4699653370320.08265145005310.270605611045-0.285617477429-0.324581745511-0.09999541501280.6005031105190.05049176611560.1006891113920.4233910709260.08802878834270.549978047518-33.002942966166.51002827426.4382784736
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 36 through 127 )AA36 - 12717 - 108
22chain 'A' and (resid 128 through 215 )AA128 - 215109 - 196
33chain 'A' and (resid 216 through 451 )AA216 - 435197 - 416
44chain 'B' and (resid 36 through 179 )BB36 - 17917 - 160
55chain 'B' and (resid 180 through 234 )BB180 - 234161 - 215
66chain 'B' and (resid 235 through 452 )BB235 - 436216 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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