PDB-8r2l: Crystal structure of the ectodomain of TBEV E protein (Sofjin strain)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r2l

タイトル

Crystal structure of the ectodomain of TBEV E protein (Sofjin strain)

要素

Envelope protein E

キーワード

VIRAL PROTEIN / envelope protein E / tick-borne enciphalitis

機能・相同性

機能・相同性情報

flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity ...
類似検索 - 分子機能

Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Vlaskina, A.V. / Samygina, V.R.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2023
タイトル: Self-Assembly and Conformational Change in the Oligomeric Structure of the Ectodomain of the TBEV E Protein Studied via X-ray, Small-Angle X-ray Scattering, and Molecular Dynamics
著者: Konarev, P.V. / Vlaskina, A.V. / Korzhenevskiy, D. / Rakitina, T.V. / Petrenko, D. / Agapova, Y. / Kordonskaya, Y. / Samygina, V.R.

履歴

登録	2023年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r2l.cif.gz	95 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r2l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r2l_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r2l_full_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示
XML形式データ	8r2l_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	8r2l_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Envelope protein E

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Envelope protein E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.061, 165.061, 165.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Envelope protein E 分子量: 43387.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (STRAIN SOFJIN) (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07720
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: Ammonium sulfate, MPD, citric acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.89999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→116.4 Å / Num. obs: 50365 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.94 / Net I/σ(I): 32.5
反射シェル	解像度: 3.2→3.42 Å / Num. unique obs: 878 / R_pim(I) all: 0.221

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 22.923 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.232 / ESU R Free: 0.463 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2865	650	4.977 %
R_work	0.202	12410	-
all	0.206	-	-
obs	-	13060	98.7 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 110.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3028	0	0	8	3036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.461	1.644	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.379	1.578	6602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.433	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.677	22.778	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.45	15	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.973	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	15.143	11.666	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	15.144	11.668	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	21.409	17.491	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	21.406	17.491	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	16.408	12.355	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	16.403	12.357	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	22.884	18.13	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	22.879	18.133	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	27.528	135.012	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	27.524	135.046	3246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.28	0.362	38	0.323	864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.365	0.342	38	0.31	846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.365-3.457	0.51	51	0.308	819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.457-3.558	0.357	36	0.274	805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.558-3.668	0.401	52	0.266	768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.668-3.788	0.335	49	0.251	746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.788-3.922	0.355	48	0.258	722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.922-4.07	0.408	32	0.241	716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.237	0.275	32	0.198	690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.237-4.426	0.194	32	0.162	658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.426-4.643	0.171	30	0.146	640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.643-4.896	0.224	34	0.149	606	X-RAY DIFFRACTION	100
4.896-5.195	0.193	27	0.15	584	X-RAY DIFFRACTION	100
5.195-5.556	0.133	26	0.185	535	X-RAY DIFFRACTION	100
5.556-6.004	0.413	28	0.197	508	X-RAY DIFFRACTION	100
6.004-6.582	0.297	23	0.198	479	X-RAY DIFFRACTION	100
6.582-7.368	0.364	22	0.196	430	X-RAY DIFFRACTION	100
7.368-8.524	0.239	17	0.182	387	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.267	22	0.181	334	X-RAY DIFFRACTION	100
10.481-15	0.293	13	0.202	273	X-RAY DIFFRACTION	100

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