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- PDB-8r2g: Crystal structure of a BRCA2-DMC1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r2g
タイトルCrystal structure of a BRCA2-DMC1 complex
要素
  • Breast cancer type 2 susceptibility protein
  • Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
キーワードRECOMBINATION / DNA repair / meiosis
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / female gamete generation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear ubiquitin ligase complex / homologous chromosome pairing at meiosis ...BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / female gamete generation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear ubiquitin ligase complex / homologous chromosome pairing at meiosis / DNA strand invasion / female gonad development / mitotic recombination / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / DNA strand exchange activity / histone H4 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / lateral element / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / male meiosis I / telomere maintenance via recombination / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / gamma-tubulin binding / reciprocal meiotic recombination / oocyte maturation / DNA repair complex / response to UV-C / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / ATP-dependent DNA damage sensor activity / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / hematopoietic stem cell proliferation / spermatid development / centrosome duplication / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / ovarian follicle development / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of mitotic cell cycle / secretory granule / regulation of cytokinesis / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / double-strand break repair via homologous recombination / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / HDR through Homologous Recombination (HRR) / brain development / Meiotic recombination / cellular senescence / site of double-strand break / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / chromosome / double-stranded DNA binding / protease binding / spermatogenesis / chromosome, telomeric region / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Meiotic recombination protein Dmc1 / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical ...Meiotic recombination protein Dmc1 / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 / BRCA2 TR2 domain / Tower / BRCA2 repeat / BRCA2, OB1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein / BRCA2 repeat / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 1 / BRCA2 repeat profile. / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 2 susceptibility protein / Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Dunce, J.M. / Davies, O.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust219413/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: BRCA2 stabilises RAD51 and DMC1 nucleoprotein filaments through a conserved interaction mode.
著者: Dunce, J.M. / Davies, O.R.
履歴
登録2023年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
B: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
C: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
D: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
E: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
F: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
G: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
H: Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog
I: Breast cancer type 2 susceptibility protein
J: Breast cancer type 2 susceptibility protein
K: Breast cancer type 2 susceptibility protein
L: Breast cancer type 2 susceptibility protein
M: Breast cancer type 2 susceptibility protein
N: Breast cancer type 2 susceptibility protein
O: Breast cancer type 2 susceptibility protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,19215
ポリマ－242,19215
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.400, 125.400, 364.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 84 through 271 or resid 291 through 335))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 84 through 271 or resid 291 through 335))
d_3ens_1(chain "C" and resid 84 through 335)
d_4ens_1(chain "D" and (resid 84 through 271 or resid 291 through 335))
d_5ens_1(chain "E" and (resid 84 through 271 or resid 291 through 335))
d_6ens_1(chain "F" and (resid 84 through 271 or resid 291 through 335))
d_7ens_1(chain "G" and (resid 84 through 271 or resid 291 through 335))
d_8ens_1(chain "H" and (resid 84 through 271 or resid 291 through 335))
d_1ens_2(chain "I" and resid 2405 through 2412)
d_2ens_2(chain "J" and resid 2405 through 2412)
d_3ens_2chain "L"
d_1ens_3chain "K"
d_2ens_3chain "M"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYTHRTHRAA84 - 2715 - 192
d_12ens_1HISHISILEILEAA291 - 335212 - 256
d_21ens_1GLYGLYTHRTHRBB84 - 2715 - 192
d_22ens_1HISHISILEILEBB291 - 335212 - 256
d_31ens_1GLYGLYILEILECC84 - 3355 - 256
d_41ens_1GLYGLYTHRTHRDD84 - 2715 - 192
d_42ens_1HISHISILEILEDD291 - 335212 - 256
d_51ens_1GLYGLYTHRTHREE84 - 2715 - 192
d_52ens_1HISHISILEILEEE291 - 335212 - 256
d_61ens_1GLYGLYTHRTHRFF84 - 2715 - 192
d_62ens_1HISHISILEILEFF291 - 335212 - 256
d_71ens_1GLYGLYTHRTHRGG84 - 2715 - 192
d_72ens_1HISHISILEILEGG291 - 335212 - 256
d_81ens_1GLYGLYTHRTHRHH84 - 2715 - 192
d_82ens_1HISHISILEILEHH291 - 335212 - 256
d_11ens_2VALVALTHRTHRII2405 - 24126 - 13
d_21ens_2VALVALTHRTHRJJ2405 - 24126 - 13
d_31ens_2VALVALTHRTHRLL2405 - 24126 - 13
d_11ens_3PHEPHEPHEPHEKK2406 - 24107 - 11
d_21ens_3PHEPHEPHEPHEMM2406 - 24107 - 11

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.712196352296, 0.70096969991, 0.0376541575962), (-0.69918271103, 0.713120906548, -0.0510108737545), (-0.0626090438682, 0.0100026222257, 0.997988003522)58.4408410966, 28.0878455775, 2.96307551114
2given(0.0175111096248, 0.999743169637, 0.0143859585521), (-0.994492811904, 0.0189025196004, -0.103086089381), (-0.103331544607, -0.0125015805604, 0.994568400047)120.290991827, 7.0241369424, 2.91689856742
3given(-0.688107588791, 0.722933332226, 0.0622522562205), (-0.725490781897, -0.68391266803, -0.0769843353615), (-0.0130794354495, -0.0981369434205, 0.995086965398)146.563824688, -52.8075486975, -3.66087352237
4given(-0.997165590741, -0.0033744954867, 0.0751624734937), (0.000469581615194, -0.999253370284, -0.0386326477085), (0.0752367206528, -0.0384878520585, 0.996422661881)122.982571552, -116.439083399, -4.8599942582
5given(-0.713537414862, -0.700454152028, 0.0151108735371), (0.700610917453, -0.7132743133, 0.0195983757522), (-0.00294956572309, 0.024571017342, 0.999693735685)65.4676245806, -144.697690505, 1.65203828099
6given(-0.0196496580846, -0.996129509582, -0.0856731642787), (0.998586590056, -0.023785948699, 0.0475294730192), (-0.0493833281397, -0.0846181350826, 0.995188955986)7.01260375331, -123.045180093, 0.0981275620757
7given(0.697877122231, -0.712564069743, -0.0722493513988), (0.715578055388, 0.697959100262, 0.0283044344317), (0.0302583693064, -0.0714530676246, 0.996984899692)-20.9347882983, -62.5629777895, -3.54328054121
8given(-0.98693472252, 0.144871062148, -0.0705140328996), (-0.139074999443, -0.986950757734, -0.0811563080566), (-0.0813510787493, -0.0702892392864, 0.994203915113)129.081618027, -98.9881406742, 7.10042882081
9given(-0.0795655849272, -0.994171804895, -0.0727443471861), (0.995896480829, -0.0824360319127, 0.0373430062401), (-0.04312211924, -0.0694746212284, 0.996651272932)15.0123502095, -124.315667437, 3.59258507262
10given(-0.921883842701, -0.224187820497, -0.316022153825), (0.259564207937, -0.962877499693, -0.0741170867156), (-0.28767447319, -0.150355384759, 0.945852343523)124.636492929, -114.28896617, -6.26977105738

-
要素

#1: タンパク質
Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog


分子量: 28868.811 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14565
#2: タンパク質・ペプチド
Breast cancer type 2 susceptibility protein / Fanconi anemia group D1 protein


分子量: 1605.961 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRCA2, FACD, FANCD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51587
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM HEPES-NaOH pH 7.4, 50 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 8 % PEG 3350, 20 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→182.098 Å / Num. obs: 22688 / % possible obs: 57.7 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 84.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.247 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.452→3.692 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1134 / Rpim(I) all: 0.561 / Rrim(I) all: 1.5 / % possible all: 16.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoPROCdata processing
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.45→118.57 Å / SU ML: 0.5719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.451
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3057 1072 4.74 %
Rwork0.2635 21553 -
obs0.2655 22625 57.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→118.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15352 0 0 0 15352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001915639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.479721045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04152334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.73635768
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.314439052202
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.386871911502
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.442228239472
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.296122528959
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.326396501961
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.296342765419
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.286185725469
ens_2d_2IIX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.03821756482
ens_2d_3IIX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.4592611217
ens_3d_2KKX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.52161072832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.610.3514240.384538X-RAY DIFFRACTION11.7
3.61-3.80.4241730.36761297X-RAY DIFFRACTION28.39
3.8-4.040.3769790.30441766X-RAY DIFFRACTION38.36
4.04-4.350.31471170.26922296X-RAY DIFFRACTION50.06
4.35-4.790.33111640.25993083X-RAY DIFFRACTION66.73
4.79-5.480.29811770.24643502X-RAY DIFFRACTION74.93
5.48-6.90.30461990.28554096X-RAY DIFFRACTION86.44
6.9-118.570.27272390.24054975X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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