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万見
- PDB-8r2d: Integrator cleavage module assembly intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r2d
タイトルIntegrator cleavage module assembly intermediate
要素
  • BRCA1-associated ATM activator 1
  • Integrator complex subunit 11
  • Integrator complex subunit 4
  • Integrator complex subunit 9
キーワードTRANSCRIPTION / chaperone / Integrator complex / nuclear import
機能・相同性
機能・相同性情報


integrator complex assembly / ribonuclease inhibitor activity / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / mitochondrion localization / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcription initiation surveillance ...integrator complex assembly / ribonuclease inhibitor activity / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / INTAC complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / mitochondrion localization / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / protein localization to nucleus / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / glucose metabolic process / cell migration / positive regulation of cell growth / protein-macromolecule adaptor activity / blood microparticle / cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BRCA1-associated ATM activator 1 / : / INTS4 8 helical bundle domain / Integrator subunit 4 family C-terminal Ig-like domain / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : ...BRCA1-associated ATM activator 1 / : / INTS4 8 helical bundle domain / Integrator subunit 4 family C-terminal Ig-like domain / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeat / HEAT repeat / HEAT repeats / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 11 / Integrator complex assembly factor BRAT1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Sabath, K. / Qiu, C. / Jonas, S.
資金援助 スイス, European Union, ドイツ, 8件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation141735 スイス
Swiss National Science Foundation182880 スイス
Swiss National Science Foundation205601 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_179498 スイス
Swiss State Secretariat for Education, Research and InnovationMB22.00064 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)4918European Union
ETH ZurichETH-31 18-1 スイス
German Academic Scholarship FoundationKevin Sabath ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Assembly mechanism of Integrator's RNA cleavage module.
著者: Kevin Sabath / Chunhong Qiu / Stefanie Jonas /
要旨: The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'- ...The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'-processing of non-coding RNAs. For both activities, Integrator requires endonuclease activity that is harbored by an RNA cleavage module consisting of INTS4-9-11. How correct assembly of Integrator modules is achieved remains unknown. Here, we show that BRAT1 and WDR73 are critical biogenesis factors for the human cleavage module. They maintain INTS9-11 inactive during maturation by physically blocking the endonuclease active site and prevent premature INTS4 association. Furthermore, BRAT1 facilitates import of INTS9-11 into the nucleus, where it is joined by INTS4. Final BRAT1 release requires locking of the mature cleavage module conformation by inositol hexaphosphate (IP). Our data explain several neurodevelopmental disorders caused by BRAT1, WDR73, and INTS11 mutations as Integrator assembly defects and reveal that IP is an essential co-factor for cleavage module maturation.
履歴
登録2023年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCA1-associated ATM activator 1
B: Integrator complex subunit 9
C: Integrator complex subunit 11
D: Integrator complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,0586
ポリマ－340,9274
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 BRCA1-associated ATM activator 1


分子量: 88766.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PJG6
#2: タンパク質 Integrator complex subunit 9 / Int9 / Protein related to CPSF subunits of 74 kDa / RC-74


分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9, RC74 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NV88
#3: タンパク質 Integrator complex subunit 11


分子量: 68997.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5TA45
#4: タンパク質 Integrator complex subunit 4


分子量: 109271.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96HW7
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: INTS4-INTS9-INTS11-BRAT1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3-#4, #2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 59.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97185 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01119251
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1126140
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5142565
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463030
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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