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- PDB-8r2c: Crystal structure of the Vint domain from Tetrahymena thermophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r2c
タイトルCrystal structure of the Vint domain from Tetrahymena thermophila
要素von willebrand factor type A (VWA) domain was originally protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hedgehog / Vint / intein / HINT / von Willebrand factor type A domain
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing
類似検索 - 分子機能
VWA-Hint protein, Vwaint domain / VWA / Hh protein intein-like / : / Vint domain / Hint-domain / von Willebrand factor type A domain / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain ...VWA-Hint protein, Vwaint domain / VWA / Hh protein intein-like / : / Vint domain / Hint-domain / von Willebrand factor type A domain / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / von willebrand factor type A (VWA) domain was originally protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Iwai, H. / Beyer, H.M. / Johannson, J.E. / Li, M. / Wlodawer, A.
資金援助 フィンランド, デンマーク, 米国, 6件
組織認可番号国
Academy of Finland131413 フィンランド
Academy of Finland137995 フィンランド
Academy of Finland277335 フィンランド
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0025402 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0027550 デンマーク
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)75N91019D00024 米国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: The three-dimensional structure of the Vint domain from Tetrahymena thermophila suggests a ligand-regulated cleavage mechanism by the HINT fold.
著者: Iwai, H. / Beyer, H.M. / Johansson, J.E.M. / Li, M. / Wlodawer, A.
履歴
登録2023年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von willebrand factor type A (VWA) domain was originally protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9489
ポリマ－19,1491
非ポリマー7998
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area8370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)35.890, 46.360, 115.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 von willebrand factor type A (VWA) domain was originally protein


分子量: 19149.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: TTHERM_00471620 / プラスミド: pBHRSF123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: I7M030
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 nL concentrated protein (14.6 mg/mL) with 100 nL mother liquid (2% PEG 400, 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 18445 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 20.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0157 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.1109 / Num. unique obs: 1737

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43 Å / SU ML: 0.2045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 568 3.09 %
Rwork0.1886 17822 -
obs0.1898 18390 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1341 0 46 92 1479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29221888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0653203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5738192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.980.29071280.25964322X-RAY DIFFRACTION98.21
1.98-2.270.25931160.19954422X-RAY DIFFRACTION99.87
2.27-2.860.26631640.1974428X-RAY DIFFRACTION99.7
2.86-430.1871600.1674650X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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