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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r2b | ||||||
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タイトル | X-ray crystallographic structure of SnoaL2 in complex with the polyketide substrate | ||||||
要素 | SnoL | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Polyketide / antibiotic / biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | polyketide metabolic process / SnoaL-like polyketide cyclase / Polyketide cyclase SnoaL-like / NTF2-like domain superfamily / : / SnoL 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces nogalater (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024 タイトル: Mechanism of Two-Component Mono-Oxygenases Involved in Anthracycline 1-Hydroxylation 著者: Wandi, B.N. / Dinis, P. / Siitonen, V. / Schneider, G. / Schnell, R. / Metsa-Ketele, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r2b.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r2b.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r2b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8r20C 8r2eC 8r2jC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16913.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal His6-tag (sequence: MAHHHHHHRS) used in purification. 由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア) 遺伝子: snoL / プラスミド: pBAD / 詳細 (発現宿主): N-termial His6-tag, not removable / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q9RN64 #2: 化合物 | ChemComp-XN0 / | 分子量: 572.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % / 解説: rod |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87312 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87312 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→36.69 Å / Num. obs: 27685 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1569 / CC1/2: 0.67 / Rpim(I) all: 0.477 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.558 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.944 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→36 Å
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拘束条件 |
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