PDB-8r29: Crystal structure of domain swapped dimer of Amacstatin-2, a cyst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r29

タイトル

Crystal structure of domain swapped dimer of Amacstatin-2, a cystatin from the hard tick Amblyomma maculatum

要素

Cystatin domain-containing protein

キーワード

PROTEIN BINDING / cystatin / tick / Amblyomma maculatum / protein inhibitor / protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / vesicle / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Amblyomma maculatum (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.146 Å

データ登録者

Busa, M. / Mares, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of domain swapped dimer of Amacstatin-2, a cystatin from the hard tick amblyomma maculatum
著者: Busa, M. / Mares, M.

履歴

登録	2023年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r29.cif.gz	211.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r29.ent.gz	131.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r29_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r29_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	8r29_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	8r29_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cystatin domain-containing protein

B: Cystatin domain-containing protein

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.172, 49.172, 86.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 6 - 112 / Label seq-ID: 7 - 113

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cystatin domain-containing protein 分子量: 13253.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: MEETPRLVGGWQKKPVDGNQLFTELAHFAVGNQVGDREFFDTVLEVIDAETQVVAGTNYRLTFKIAESTCRVTETYTKELCLPKTQDVKDTCTAVIYDVPWLNQRSVSSFTCGVNAAST- 由来: (組換発現) Amblyomma maculatum (ダニ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G3MQC0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine-Tris-HCl pH 8.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.3 M diethyleneglycol, 0.3 M triethyleneglycol, 0.3 M tetraethyleneglycol, and 0.3 M pentaethyleneglycol Temp details: AC room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月4日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.146→49.172 Å / Num. obs: 10697 / % possible obs: 92.28 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 44.96 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.04719 / R_rim(I) all: 0.1256 / Net I/σ(I): 10.34
反射シェル	解像度: 2.146→2.227 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 5.08 / Num. unique obs: 694 / CC_1/2: 0.396 / R_pim(I) all: 2.766 / R_rim(I) all: 5.828 / % possible all: 61.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.146→49.172 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.217 / SU B: 21.962 / SU ML: 0.245 / Average fsc free: 0.9286 / Average fsc work: 0.9534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2746	520	5.007 %	Random selection
R_work	0.2257	9865	-	-
all	0.228	-	-	-
obs	-	10385	92.155 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.6 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.134 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.617 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.617 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.235 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.146→49.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1613	0	0	3	1616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.62	1.653	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.535	1.57	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.781	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.698	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.874	10	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.978	10	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.321	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.048	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.205	4.028	873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.202	4.034	874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.429	7.215	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.426	7.222	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.687	4.199	774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.683	4.206	775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.3	7.578	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.296	7.583	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.269	37.374	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.266	37.397	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.147	0.05	2632

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14708	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14708	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.146-2.202	0.47	29	0.425	553	0.427	809	0.864	0.871	71.9407	0.425
2.202-2.262	0.649	17	0.506	324	0.513	815	0.653	0.814	41.8405	0.544
2.262-2.328	0.395	33	0.337	610	0.34	803	0.929	0.929	80.0747	0.348
2.328-2.399	0.402	36	0.317	700	0.321	755	0.901	0.933	97.4834	0.307
2.399-2.478	0.366	38	0.299	705	0.302	744	0.904	0.944	99.8656	0.282
2.478-2.564	0.377	35	0.249	673	0.256	709	0.925	0.96	99.859	0.225
2.564-2.661	0.259	34	0.234	642	0.235	676	0.964	0.967	100	0.203
2.661-2.769	0.278	34	0.232	654	0.235	688	0.955	0.966	100	0.202
2.769-2.892	0.284	32	0.231	609	0.234	641	0.934	0.966	100	0.2
2.892-3.033	0.323	30	0.219	571	0.224	601	0.934	0.969	100	0.194
3.033-3.196	0.27	29	0.215	550	0.218	579	0.948	0.972	100	0.195
3.196-3.389	0.328	28	0.198	518	0.204	546	0.935	0.979	100	0.184
3.389-3.622	0.246	26	0.204	499	0.206	526	0.963	0.981	99.8099	0.196
3.622-3.91	0.221	24	0.186	453	0.188	477	0.976	0.982	100	0.181
3.91-4.281	0.245	22	0.179	426	0.183	448	0.965	0.983	100	0.181
4.281-4.781	0.163	20	0.162	389	0.162	409	0.984	0.983	100	0.171
4.781-5.512	0.285	19	0.196	347	0.2	367	0.957	0.978	99.7275	0.208
5.512-6.73	0.34	14	0.258	273	0.262	287	0.934	0.969	100	0.272
6.73-9.43	0.19	13	0.251	236	0.247	249	0.981	0.97	100	0.288
9.43-49.172	0.293	7	0.292	133	0.292	140	0.962	0.94	100	0.353

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5959	-0.2078	0.6922	0.2001	0.0459	0.4294	-0.0135	0.1288	-0.1425	0.0697	0.0742	0.0518	0.0033	0.146	-0.0607	0.1379	0.009	0.0487	0.0735	-0.0057	0.0405	22.0077	24.6684	-0.7811
2	0.8479	0.3766	0.531	0.2956	0.2946	0.3693	-0.0226	0.08	-0.039	0.116	0.1075	-0.0675	0.0577	0.0752	-0.0849	0.114	0.0709	-0.0601	0.0946	-0.0063	0.063	25.3898	23.505	-0.5387

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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