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万見
- PDB-8r1x: Solution structure and chemical shift assignments for HMG-D Y12F ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r1x
タイトルSolution structure and chemical shift assignments for HMG-D Y12F mutant complexed to a 14:12 dA2 bulge DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')
  • High mobility group protein D
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HMG protein / DNA-binding protein / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / Mitochondrial protein degradation / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / chromatin organization / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / High mobility group protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Yang, J.C. / Hill, G.R. / Neuhaus, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105178934 英国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: A Single Interfacial Point Mutation Rescues Solution Structure Determination of the Complex of HMG-D with a DNA Bulge.
著者: Hill, G.R. / Yang, J.C. / Easton, L.E. / Cerdan, R. / McLaughlin, S.H. / Stott, K. / Travers, A.A. / Neuhaus, D.
履歴
登録2023年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2024年9月11日ID: 1E7J
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High mobility group protein D
B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3783
ポリマ－20,3783
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3490 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9100 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 High mobility group protein D


分子量: 12426.941 Da / 分子数: 1 / 変異: Y12F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: HmgD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05783
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 4288.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The DNA ligand (chains B and C) was designed to be a structural mimic of bent DNA; it is not based on any specific natural sequence.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The DNA ligand (chains B and C) was designed to be a structural mimic of bent DNA; it is not based on any specific natural sequence.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic22D 1H-1H NOESY (mixing time = 60 ms)
141isotropic22D 1H-1H NOESY (mixing time = 150 ms)
151isotropic13D HNCA
161isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HBHANH
191isotropic13D HBHA(CO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-COSY
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic23D 1H-15N NOESY (mixing time = 150 ms)
1131isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic (mixing time = 150 ms)
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic (mixing time = 150 ms)
1152isotropic22D [13C,15N]-filtered [1H-1H] NOESY (mixing time = 100 ms, with filter elements set to reject 13C and 15N coupled signals in F1 and to accept only 13C coupled signals in F2)
1162isotropic22D [13C,15N]-filtered [1H-1H] NOESY (mixing time = 200 ms, with filter elements set to reject 13C and 15N coupled signals in F1 and to accept only 13C coupled signals in F2)
1172isotropic213C-filtered 13C NOESY-HSQC (mixing time = 150 ms, with filter elements set to reject 13C- and 15N-coupled (protein) signals in F1)

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.8 mM [U-13C; U-15N] HMG-D Y12F, 1.8 mM DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*C)-3'), 1.8 mM DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3'), 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 3 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O13C,15N labelled protein complexed to natural abundance DNA bulge ligand in H2O13C,15N protein + DNA in H2O95% H2O/5% D2O
solution21.8 mM [U-13C; U-15N] HMG-D Y12F, 1.8 mM DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*C)-3'), 1.8 mM DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3'), 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 3 mM sodium azide, 100% D2O13C,15N labelled protein complexed to natural abundance DNA bulge ligand in D2O13C,15N protein + DNA in D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.8 mMHMG-D Y12F[U-13C; U-15N]1
1.8 mMDNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*C)-3')natural abundance1
1.8 mMDNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')natural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
3 mMsodium azidenatural abundance1
1.8 mMHMG-D Y12F[U-13C; U-15N]2
1.8 mMDNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*CP*C)-3')natural abundance2
1.8 mMDNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')natural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
20 mMsodium chloridenatural abundance2
3 mMsodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 83 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2 and 3.5Bruker Biospincollection
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
Amber11Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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