PDB-8r1m: Structure of TxGH116 with covalently bound N-azido-octyl aziridine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r1m

タイトル

Structure of TxGH116 with covalently bound N-azido-octyl aziridine

要素

Glucosylceramidase

キーワード

HYDROLASE / Beta-glucosidase / covalent complex / aziridine

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylceramidase / glucosylceramide catabolic process / glucosylceramidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Offen, W.A. / Davies, G.J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Selective labelling of GBA2 in cells with fluorescent beta-d-arabinofuranosyl cyclitol aziridines.
著者: Su, Q. / Louwerse, M. / Lammers, R.F. / Maurits, E. / Janssen, M. / Boot, R.G. / Borlandelli, V. / Offen, W.A. / Linzel, D. / Schroder, S.P. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S. / Artola, M. / Aerts, J.M.F.G.

履歴

登録	2023年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r1m.cif.gz	586.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r1m.ent.gz	488.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r1m_validation.pdf.gz	905.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r1m_full_validation.pdf.gz	911 KB	表示
XML形式データ	8r1m_validation.xml.gz	70.9 KB	表示
CIF形式データ	8r1m_validation.cif.gz	98.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosylceramidase

B: Glucosylceramidase

ヘテロ分子

185 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucosylceramidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
92.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucosylceramidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
92.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.975, 165.149, 178.921
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 31 - 802 / Label seq-ID: 16 - 787

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glucosylceramidase 分子量: 91794.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 (バクテリア) 遺伝子: Thexy_2211 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6BL85

-
非ポリマー , 5種, 890分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-XHR / (1R,2R,3R,4S)-4-[8-(azanyldiazenyl)octylamino]-3-(hydroxymethyl)cyclopentane-1,2-diol 分子量: 302.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3000, ammonium sulfate, MES buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→56.16 Å / Num. obs: 129333 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6302 / CC_1/2: 0.554 / R_pim(I) all: 0.643 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→56.095 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.202 / WR_factor R_work: 0.154 / Average fsc free: 0.958 / Average fsc work: 0.972 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	6300	4.881 %	RANDOM
R_work	0.1771	122777	-	-
all	0.179	-	-	-
obs	-	129077	99.863 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.706 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.966 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.095 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12403	0	53	880	13336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	13027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	11748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.512	1.808	17717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.593	1.769	27168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.129	5	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.114	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.443	10	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.434	10	628
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	10873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	6361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	6110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.241	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.867	2.39	6271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.867	2.39	6271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.799	4.293	7866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.799	4.294	7867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.092	2.524	6756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.092	2.524	6757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.25	4.561	9835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.249	4.561	9836
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.575	23.159	15605
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.575	23.159	15606
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	27457

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09995	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09995	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.339	482	0.316	8902	0.317	9414	0.924	0.929	99.6813	0.309
1.949-2.003	0.287	452	0.265	8712	0.266	9184	0.932	0.947	99.7822	0.256
2.003-2.061	0.287	465	0.244	8501	0.246	8980	0.943	0.956	99.8441	0.231
2.061-2.124	0.266	419	0.22	8295	0.222	8726	0.95	0.965	99.8625	0.205
2.124-2.194	0.244	403	0.208	8018	0.21	8427	0.956	0.97	99.9288	0.191
2.194-2.27	0.276	415	0.221	7710	0.224	8137	0.951	0.97	99.8525	0.201
2.27-2.356	0.27	390	0.192	7494	0.196	7899	0.956	0.977	99.8101	0.168
2.356-2.452	0.235	366	0.18	7254	0.183	7633	0.966	0.98	99.8297	0.156
2.452-2.561	0.263	341	0.174	6952	0.178	7299	0.964	0.981	99.9178	0.15
2.561-2.685	0.234	345	0.164	6629	0.167	6984	0.969	0.984	99.8568	0.142
2.685-2.83	0.242	329	0.167	6339	0.17	6673	0.965	0.983	99.9251	0.145
2.83-3.002	0.214	325	0.161	6022	0.163	6352	0.972	0.984	99.9213	0.141
3.002-3.208	0.222	291	0.169	5659	0.171	5951	0.968	0.983	99.9832	0.152
3.208-3.464	0.21	243	0.163	5306	0.165	5552	0.973	0.985	99.946	0.151
3.464-3.793	0.206	237	0.164	4881	0.166	5118	0.976	0.985	100	0.152
3.793-4.239	0.186	203	0.131	4511	0.133	4714	0.98	0.991	100	0.124
4.239-4.89	0.149	221	0.11	3918	0.112	4139	0.988	0.994	100	0.105
4.89-5.978	0.169	149	0.128	3399	0.13	3548	0.983	0.991	100	0.123
5.978-8.406	0.172	146	0.15	2655	0.151	2801	0.981	0.987	100	0.144
8.406-56.095	0.223	76	0.224	1606	0.224	1687	0.938	0.958	99.7036	0.238

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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