PDB-8r1b: Crystal structure of recombinant LasB from Pseudomonas aeruginosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r1b

タイトル

Crystal structure of recombinant LasB from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with 6466

要素

Pro-elastase

キーワード

HYDROLASE / Thermolysin metallopeptidase / catalytic domain in complex with a small molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Kolling, D. / Koehnke, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Dipeptidic Phosphonates: Potent Inhibitors of Pseudomonas aeruginosa Elastase B Showing Efficacy in a Murine Keratitis Model.
著者: Kiefer, A.F. / Schutz, C. / Englisch, C.N. / Kolling, D. / Speicher, S. / Kany, A.M. / Shafiei, R. / Wadood, N.A. / Aljohmani, A. / Wirschem, N. / Jumde, R.P. / Klein, A. / Sikandar, A. / ...

履歴

登録	2023年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r1b.cif.gz	230.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r1b.ent.gz	149.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pro-elastase

ヘテロ分子

56.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.372, 89.982, 40.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.085, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Pro-elastase 分子量: 55672.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: lasB, PA3724 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: P14756

-
非ポリマー , 6種, 323分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 化合物	ChemComp-XI5 / [(2~{S})-1-[[1-[(4-ethanoylphenyl)amino]-3-methyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]phosphonic acid 分子量: 412.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₉N₂O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M Sodium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→44.991 Å / Num. obs: 433784 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 12.64 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.31→1.333 Å / Num. unique obs: 2988 / CC_1/2: 0.788

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→44.99 Å / SU ML: 0.1263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 17.119
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1672	6286	5.16 %
R_work	0.1452	115488	-
obs	0.1464	121774	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→44.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2317	0	51	316	2684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0125	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3128	3316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0982	329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0224	439
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.3519	348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.32	0.2892	190	0.2865	3716	X-RAY DIFFRACTION	95.08
1.32-1.34	0.3134	221	0.2651	3733	X-RAY DIFFRACTION	97.53
1.34-1.36	0.301	199	0.2574	3878	X-RAY DIFFRACTION	97.51
1.36-1.37	0.248	209	0.2388	3769	X-RAY DIFFRACTION	97.91
1.37-1.39	0.2373	230	0.2229	3838	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.39-1.41	0.2119	219	0.2113	3897	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.41-1.43	0.2204	203	0.2106	3832	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.43-1.45	0.2371	209	0.1952	3932	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.45-1.48	0.2001	204	0.1821	3870	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.48-1.5	0.2112	199	0.1771	3937	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.5-1.53	0.1928	234	0.1758	3790	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.53-1.55	0.1797	209	0.1732	3880	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.55-1.58	0.2034	224	0.164	3903	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.58-1.62	0.1764	255	0.1488	3818	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.62-1.65	0.1981	183	0.1486	3905	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.65-1.69	0.1695	188	0.145	3879	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.69-1.73	0.1598	231	0.1424	3866	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.73-1.78	0.155	217	0.1358	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.78-1.83	0.1453	173	0.1354	3885	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.83-1.89	0.1496	164	0.1361	3923	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.89-1.96	0.1542	193	0.1321	3889	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.96-2.04	0.1417	167	0.1288	3890	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.04-2.13	0.1595	199	0.1236	3859	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.13-2.24	0.1293	241	0.1199	3799	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.24-2.38	0.1371	223	0.1189	3818	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.38-2.56	0.1423	189	0.1316	3924	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.56-2.82	0.1698	178	0.1347	3830	X-RAY DIFFRACTION	98.36
2.82-3.23	0.1601	208	0.135	3769	X-RAY DIFFRACTION	97.43
3.23-4.07	0.1753	207	0.1239	3820	X-RAY DIFFRACTION	98.2
4.07-44.99	0.1498	320	0.147	3739	X-RAY DIFFRACTION	98.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.74385803149	0.0550517209662	-0.317805911252	2.29797903187	-0.609861362003	1.94021297422	-0.0913605530811	0.0582766749544	-0.103282601028	-0.254544407411	-0.0169705373065	-0.311451689464	0.233501123029	0.171721086695	0.0999867511035	0.147701309789	-0.00427421410554	0.0118307428706	0.0949081911438	-0.0189590921217	0.108001914653	1.45993554973	-16.0651598451	-3.11104830582
2	2.05413148578	1.0262452135	0.510918062601	2.00505291138	0.535566634932	1.06973359784	0.006355138264	-0.115672486074	-0.0589418629057	0.0964607884216	0.00745738615067	0.00366546113916	0.102385605562	0.0141899424544	-0.0205000124898	0.116304520678	0.018624960749	0.00429356290272	0.0855236441214	0.0032678110449	0.0782209734925	-1.6198030768	-11.8926531675	5.63956428316
3	3.75093260598	-0.379008933645	1.2328045217	2.63228671442	0.117339633928	5.82095529077	0.0302760952391	-0.0777710586012	-0.214713692523	0.236401861977	0.023953850145	-0.0828605160603	0.429992612813	0.137858944114	-0.0355010354357	0.108995362768	0.0174734272934	-0.0104614452194	0.0528034660758	0.00491104755137	0.10228318885	3.42987069008	-5.60836092107	18.2375215437
4	2.4075207784	-0.158111611027	-3.36376607168	1.54362193309	-0.00370587677628	6.15698329581	0.0204701029788	0.12482180982	-0.0063070691355	-0.0254192289525	0.00312356725123	-0.0458978651977	0.0149919410267	-0.0961883913003	0.0123703471581	0.0520198734313	0.00257008209412	-0.00832909079764	0.0613116426086	-0.000676123786301	0.0703107419601	1.13349805471	1.2024734449	13.0023855597
5	6.25725787814	3.22147297224	1.47960730365	4.41493845567	1.65529438478	0.955547882551	0.187572750435	-0.0268649614218	-0.0862185550735	-0.0061595301401	-0.219973403585	0.249675185145	0.0756197751066	-0.136363280805	0.0390684375928	0.0859775837695	0.011573149852	-0.0224388644444	0.0994796680068	-0.011189578282	0.0991795222075	-9.61074871627	1.70729914944	6.76861726828
6	1.30377030974	0.0814313064819	-0.733145547791	0.921552195292	-0.0487851673598	1.63686196555	0.0181638964481	-0.0243353307625	0.0930278115815	0.0415111966662	0.0337944274859	-0.0581770701544	-0.0309703193852	0.0664401222576	-0.051681536911	0.0815996966592	-0.00581286116885	-0.0160267789506	0.0745113221983	-0.00793184434615	0.0836505279918	1.78149180676	9.25426101401	20.102156525

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 61 )	1 - 61	1 - 61
2	2	chain 'A' and (resid 62 through 134 )	62 - 134	62 - 134
3	3	chain 'A' and (resid 135 through 156 )	135 - 156	135 - 156
4	4	chain 'A' and (resid 157 through 179 )	157 - 179	157 - 179
5	5	chain 'A' and (resid 180 through 199 )	180 - 199	180 - 199
6	6	chain 'A' and (resid 200 through 298 )	200 - 298	200 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)