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Yorodumi- PDB-8r1b: Crystal structure of recombinant LasB from Pseudomonas aeruginosa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8r1b | ||||||
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Title | Crystal structure of recombinant LasB from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with 6466 | ||||||
Components | Pro-elastase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Thermolysin metallopeptidase / catalytic domain in complex with a small molecule inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.31 Å | ||||||
Authors | Kolling, D. / Koehnke, J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Chemrxiv / Year: 2024 Title: Dipeptidic Phosphonates: Potent Inhibitors of Pseudomonas aeruginosa Elastase B Showing Efficacy in a Murine Keratitis Model Authors: Kolling, D. / Koehnke, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8r1b.cif.gz | 230.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8r1b.ent.gz | 149.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8r1b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8r1b_validation.pdf.gz | 748.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8r1b_full_validation.pdf.gz | 750.5 KB | Display | |
Data in XML | 8r1b_validation.xml.gz | 19.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8r1b_validation.cif.gz | 28 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 55672.918 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: lasB, PA3724 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Lemo21 / References: UniProt: P14756 |
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-Non-polymers , 6 types, 323 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-CA / | ||||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SCN / | #6: Chemical | ChemComp-XI5 / [( | Mass: 412.417 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C19H29N2O6P / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M Sodium thiocyanate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.8856 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.31→44.991 Å / Num. obs: 433784 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 12.64 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.31→1.333 Å / Num. unique obs: 2988 / CC1/2: 0.788 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.31→44.99 Å / SU ML: 0.1263 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / Phase error: 17.119 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.31→44.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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