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万見
- PDB-8r0s: Structure of reverse transcriptase from Cauliflower Mosaic Virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r0s
タイトルStructure of reverse transcriptase from Cauliflower Mosaic Virus in complex with RNA/DNA hybrid
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*A)-3')
  • Enzymatic polyprotein
  • RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*UP*AP*GP*C)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / Reverse transcriptase / protein-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase A3A, cauliflower mosaic virus-type / Reverse transcriptase, RNase H-like domain / : / Cauliflower mosaic virus peptidase (A3) / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Enzymatic polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Cauliflower mosaic virus (ウイルス)
synthetic gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Prabaharan, C. / Figiel, M. / Chamera, S. / Szczepanowski, R. / Nowak, E. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2016/21/B/NZ1/02757 ポーランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical characterization of cauliflower mosaic virus reverse transcriptase.
著者: Prabaharan, C. / Figiel, M. / Szczepanowski, R.H. / Skowronek, K. / Zajko, W. / Thangaraj, V. / Chamera, S. / Nowak, E. / Nowotny, M.
履歴
登録2023年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enzymatic polyprotein
C: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*UP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4983
ポリマ－77,4983
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.820, 140.520, 52.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Enzymatic polyprotein


分子量: 67140.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cauliflower mosaic virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2PYL0, RNA-directed DNA polymerase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*UP*AP*GP*C)-3')


分子量: 5458.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic gene (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4899.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic gene (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.04M Citric acid, 0.06M Bis-Tris propane , 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03234 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03234 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 28172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 58.97 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / Num. unique obs: 4464 / CC1/2: 0.478

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→45.25 Å / SU ML: 0.3858 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4665
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 1408 5 %
Rwork0.2143 26755 -
obs0.2168 28163 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3655 675 0 74 4404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01036249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6741847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.430.38211360.35182600X-RAY DIFFRACTION99.6
2.43-2.530.42531390.3142646X-RAY DIFFRACTION99.89
2.53-2.650.32641390.2722635X-RAY DIFFRACTION99.86
2.65-2.790.37711400.25412650X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.960.31621380.26772633X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.190.32691400.24832655X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.32171410.22722679X-RAY DIFFRACTION99.65
3.51-4.020.24571410.20082685X-RAY DIFFRACTION100
4.02-5.060.18671430.17272711X-RAY DIFFRACTION99.93
5.06-45.250.23821510.19362861X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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