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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r0g | ||||||||||||
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タイトル | Capsid structure of Giardiavirus (GLV) CAT strain | ||||||||||||
要素 | Capsid protein | ||||||||||||
キーワード | VIRUS / Giardia parsite / dsRNA virus / capsid structure / Totiviridae / Giardia lambia virus (GLV) | ||||||||||||
機能・相同性 | Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Giardia lamblia virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, H. / Gianluca, M. / Munke, A. / Hassan, M.M. / Lalle, M. / Okamoto, K. | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, ノルウェー, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Capsid structure of Giardiavirus (GLV) CAT strain 著者: Wang, H. / Gianluca, M. / Munke, A. / Hassan, M.M. / Lalle, M. / Okamoto, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r0g.cif.gz | 337.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r0g.ent.gz | 273.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r0g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r0g_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r0g_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8r0g_validation.xml.gz | 62.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r0g_validation.cif.gz | 90.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18792MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103492.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Giardia lamblia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A8F6AGH5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Giardia lamblia virus / タイプ: VIRUS 詳細: GLV isolated from G. duodenalis isolates CAT-1 from a cat Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Giardia lamblia virus (ウイルス) / 株: CAT-1 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Giardia intestinalis / 株: CAT-1 |
ウイルス殻 | 名称: Capsid / 直径: 450 nm / 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1 x PBS (-) |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified GLV-CAT particles |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5804 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6S2C Accession code: 6S2C / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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