PDB-8r0f: Capsid structure of Giardiavirus (GLV) HP strain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r0f

タイトル

Capsid structure of Giardiavirus (GLV) HP strain

要素

Capsid protein

キーワード

VIRUS / Giardia parasite / dsRNA virus / capsid structure / cryo / Totiviridae / Giardia lambia virus (GLV)

機能・相同性

Capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Giardia lamblia virus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Wang, H. / Gianluca, M. / Munke, A. / Hassan, M.M. / Lalle, M. / Okamoto, K.

資金援助

スウェーデン,

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Capsid structure of Giardiavirus (GLV) HP strain
著者: Wang, H. / Gianluca, M. / Munke, A. / Hassan, M.M. / Lalle, M. / Okamoto, K.

履歴

登録	2023年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r0f.cif.gz	322.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r0f.ent.gz	259.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r0f_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r0f_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8r0f_validation.xml.gz	60.2 KB	表示
CIF形式データ	8r0f_validation.cif.gz	88.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18791MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Capsid protein

A: Capsid protein

207 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Capsid protein

A: Capsid protein

x 60

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
12.4 MDa, 120 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 103481.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Giardia lamblia virus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A8F6AHR5

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Giardia lamblia virus / タイプ: VIRUS 詳細: GLV isolated from Giardia duodenalis isolates HP-1 from a human patient. Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Giardia lamblia virus (ウイルス) / 株: HP-1
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主	生物種: Giardia intestinalis / 株: HP-1
ウイルス殻	名称: Capsid / 直径: 450 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: 1 x PBS (-)
試料	濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified GLV-HP particles
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 30 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28342 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL

原子モデル構築

PDB-ID: 6S2C

6s2c

Accession code: 6S2C / Source name: PDB / タイプ: experimental model

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	13209
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.668	18040
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.657	1793
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	2030
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	2304

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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