PDB-8r02: Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r02

タイトル

Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a

要素

Vacuolar protein sorting-associated protein 29
Vacuolar protein sorting-associated protein 35

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Complex / transport / recycling / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / regulation of dendritic spine maintenance / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer, cargo-selective complex ...neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane / negative regulation of protein localization / regulation of dendritic spine maintenance / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of protein homooligomerization / tubular endosome / regulation of terminal button organization / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer, cargo-selective complex / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / negative regulation of late endosome to lysosome transport / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine biosynthetic process / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to endosome / retromer complex / vesicle-mediated transport in synapse / voluntary musculoskeletal movement / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / transcytosis / regulation of protein metabolic process / dopaminergic synapse / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / regulation of mitochondrion organization / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of protein localization to cell periphery / lysosome organization / positive regulation of mitochondrial fission / regulation of postsynapse assembly / regulation of macroautophagy / D1 dopamine receptor binding / regulation of presynapse assembly / intracellular protein transport / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of protein stability / negative regulation of inflammatory response / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / late endosome / presynapse / early endosome / lysosome / endosome / neuron projection / endosome membrane / postsynaptic density / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Milani, M. / Fagnani, E.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2024
タイトル: Stabilization of the retromer complex: Analysis of novel binding sites of bis-1,3-phenyl guanylhydrazone 2a to the VPS29/VPS35 interface.
著者: Fagnani, E. / Boni, F. / Seneci, P. / Gornati, D. / Muzio, L. / Mastrangelo, E. / Milani, M.

履歴

登録	2023年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r02.cif.gz	515.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r02.ent.gz	330.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r02_validation.pdf.gz	689.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r02_full_validation.pdf.gz	701.9 KB	表示
XML形式データ	8r02_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	8r02_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r0jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

C: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

D: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

C: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

D: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.500, 140.830, 141.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	1 - 182
2	1	1	A	1 - 182
3	2	2	A	489 - 778
4	2	2	A	489 - 778

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 分子量: 20930.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBQ0
#2: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 分子量: 35243.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QK1
#3: 化合物	ChemComp-XFZ / Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon / 2-[(E)-[3-[(E)-[bis(azanyl)methylidenehydrazinylidene]methyl]phenyl]methylideneamino]guanidine 分子量: 246.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91788 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.919 Å / Num. obs: 40494 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / Num. unique obs: 2913 / CC_1/2: 0.597

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→19.919 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.256 / WR_factor R_work: 0.196 / SU B: 33.081 / SU ML: 0.323 / Average fsc free: 0.9279 / Average fsc work: 0.9448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.537 / ESU R Free: 0.303 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2639	2021	4.998 %
R_work	0.2017	38415	-
all	0.205	-	-
obs	-	40436	99.729 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.565 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.074 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.491 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.919 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7729	0	18	64	7811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	7914
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.444	1.839	10691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.804	1.771	17431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.848	5	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.753	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.184	10	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.914	10	386
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	6677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.336	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.839	9.556	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.839	9.556	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.957	17.173	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.956	17.173	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.041	10.263	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.041	10.262	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.748	18.606	5889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.747	18.605	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.71	90.16	8692
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.71	90.167	8691
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.097	0.05	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.113	0.05	9324

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09709	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09709	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11308	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11308	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.564	0.397	143	0.417	2716	0.416	2861	0.859	0.849	99.9301	0.403
2.564-2.633	0.355	142	0.398	2699	0.395	2841	0.866	0.85	100	0.377
2.633-2.708	0.351	137	0.36	2615	0.36	2752	0.902	0.898	100	0.338
2.708-2.79	0.365	133	0.311	2546	0.314	2680	0.901	0.928	99.9627	0.282
2.79-2.879	0.37	132	0.284	2513	0.288	2645	0.904	0.94	100	0.248
2.879-2.978	0.343	125	0.27	2374	0.273	2500	0.917	0.951	99.96	0.235
2.978-3.088	0.32	122	0.232	2315	0.236	2437	0.93	0.964	100	0.201
3.088-3.211	0.285	119	0.238	2261	0.241	2380	0.945	0.961	100	0.208
3.211-3.349	0.292	113	0.226	2139	0.229	2252	0.94	0.968	100	0.2
3.349-3.508	0.297	109	0.215	2066	0.219	2175	0.944	0.972	100	0.194
3.508-3.691	0.263	103	0.213	1978	0.215	2082	0.962	0.972	99.952	0.195
3.691-3.907	0.284	100	0.199	1911	0.204	2011	0.951	0.975	100	0.189
3.907-4.165	0.257	92	0.178	1749	0.182	1841	0.958	0.981	100	0.171
4.165-4.483	0.208	87	0.15	1664	0.153	1751	0.969	0.986	100	0.149
4.483-4.886	0.225	82	0.157	1541	0.16	1623	0.968	0.984	100	0.165
4.886-5.422	0.237	75	0.172	1416	0.175	1491	0.963	0.982	100	0.181
5.422-6.185	0.291	66	0.206	1264	0.21	1330	0.953	0.976	100	0.216
6.185-7.399	0.26	59	0.207	1106	0.21	1165	0.957	0.973	100	0.226
7.399-9.808	0.198	48	0.145	905	0.148	953	0.98	0.988	100	0.187
9.808-19.919	0.226	34	0.175	637	0.177	671	0.956	0.98	100	0.223

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2254	0.1076	-0.014	2.1213	-0.0371	0.6608	-0.0259	0.1223	-0.0785	0.4719	0.0285	0.2129	-0.1403	-0.1173	-0.0025	0.2034	0.0468	0.1087	0.1518	0.005	0.0965	-11.4609	1.587	1.0646
2	0.1214	0.1176	0.1835	3.5154	1.1082	0.6646	-0.021	0.0136	0.0791	1.0937	0.1065	-0.434	0.333	-0.0787	-0.0855	0.4101	0.0463	-0.2041	0.1607	0.0082	0.1621	-12.55	-44.3099	-16.2045
3	0.0804	0.0878	-0.2141	0.9548	-0.7051	0.9759	0.0646	0.045	-0.0031	-0.0658	-0.2004	-0.1717	-0.2328	0.0808	0.1358	0.1879	0.0242	-0.0169	0.1276	0.0762	0.0821	3.0702	8.4066	-12.6731
4	0.0667	0.2228	0.2306	3.198	1.0292	0.8809	-0.0235	-0.003	0.0399	-0.1886	-0.0652	0.2	0.0041	0.0278	0.0887	0.0736	0.0447	-0.0259	0.0668	-0.0453	0.1111	-23.3645	-45.8542	-34.3822

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)