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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qyr
タイトルBeta-cardiac myosin motor domain in the pre-powerstroke state complexed to Mavacamten
要素Myosin-7
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / cardiac myosin modulators inherited cardiomyopathies mavacamten
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin filament / adult heart development / muscle filament sliding / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding ...myosin filament / adult heart development / muscle filament sliding / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chem-XB2 / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Robert-Paganin, J. / Kikuti, C. / Auguin, D. / Rety, S. / David, A. / Houdusse, A.
資金援助 フランス, 米国, 4件
組織認可番号国
The French Muscular Dystrophy Telethon (AFM-Telethon)21805 フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)DCM20181039553 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)21-CE11-0022-01 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RM1GM131981-01 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Omecamtiv mecarbil and Mavacamten target the same myosin pocket despite antagonistic effects in heart contraction.
著者: Auguin, D. / Robert-Paganin, J. / Rety, S. / Kikuti, C. / David, A. / Theumer, G. / Schmidt, A.W. / Knolker, H.J. / Houdusse, A.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Myosin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3379
ポリマ－89,1961
非ポリマー1,1418
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area30610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.580, 95.680, 127.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Myosin-7


分子量: 89195.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q9BE39

-
非ポリマー , 7種, 432分子

#2: 化合物 ChemComp-XB2 / 6-[[(1~{S})-1-phenylethyl]amino]-3-propan-2-yl-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione


分子量: 273.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H19N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 2mM Mg.ADP.Vanadate 0.5mM Mavacamten 23% PEG 3350 0.2M Lithium sulfate 0.1M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.805→76.451 Å / Num. obs: 41812 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 25.9 % / Biso Wilson estimate: 29.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.805→1.986 Å / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 2.562 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2083 / CC1/2: 0.467 / % possible all: 64.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.268 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.194
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 2125 5.08 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 41795 53.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1252 Å20 Å20 Å2
2--9.3194 Å20 Å2
3----5.1942 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5703 0 95 424 6222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015956HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.078040HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2124SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes855HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5956HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion761SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7042SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.001 -2.44 %
Rwork0.218 --
all0.215 41 -
obs--0.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.8561 Å / Origin y: 7.3778 Å / Origin z: -12.5758 Å
111213212223313233
T-0.1735 Å2-0.0296 Å20.0196 Å2-0.1052 Å2-0.0096 Å2---0.1889 Å2
L0.5503 °2-0.0042 °20.3812 °2-0.6016 °2-0.3834 °2--0.9651 °2
S-0.0025 Å °0.0335 Å °0.0215 Å °-0.0014 Å °0.001 Å °-0.0121 Å °0.1192 Å °-0.0488 Å °0.0015 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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