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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qyg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Nitroreductase from Bacillus tequilensis | ||||||
![]() | NAD(P)H-dependent oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FMN-binding | ||||||
機能・相同性 | Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NAD(P)H-dependent oxidoreductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rozeboom, H.J. / Russo, S. / Fraaije, M.W. / Poelarends, G.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Nitroreductase from Bacillus tequilensis 著者: Rozeboom, H.J. / Russo, S. / Fraaije, M.W. / Poelarends, G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 182.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 26401.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: G4P54_04090 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 670分子 ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 20% PEG3350, MES buffer Ph 6.0 PH範囲: 5.9-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9655 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→46.5 Å / Num. obs: 157718 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Num. measured all: 26982 / Num. unique obs: 7745 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.354 / Rrim(I) all: 0.679 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.002 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.15→46.5 Å
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拘束条件 |
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