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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qxq | ||||||
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タイトル | PsiM in complex with SAH and psilocybin | ||||||
要素 | Psilocybin synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 psilocybin biosynthetic process / 4-hydroxytryptamine 4-phosphate methyltransferase activity / 23S rRNA (adenine(1618)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Psilocybe cubensis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.94 Å | ||||||
データ登録者 | Werten, S. / Hudspeth, J. / Rupp, B. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Methyl transfer in psilocybin biosynthesis. 著者: Hudspeth, J. / Rogge, K. / Dorner, S. / Mull, M. / Hoffmeister, D. / Rupp, B. / Werten, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qxq.cif.gz | 240.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qxq.ent.gz | 186.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qxq_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qxq_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qxq_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qxq_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qxq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35889.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiM / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DPA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-X8Q / [ 分子量: 284.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N2O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 20% PEG 8000, 200 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.7293 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月29日 / 詳細: Toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7293 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.94→15.44 Å / Num. obs: 211345 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 11.17 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1082 / Rpim(I) all: 0.0212 / Rrim(I) all: 0.1103 / Net I/σ(I): 13.36 |
反射 シェル | 解像度: 0.94→0.9736 Å / 冗長度: 26.9 % / Rmerge(I) obs: 4.584 / Mean I/σ(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 20765 / CC1/2: 0.383 / CC star: 0.745 / Rpim(I) all: 0.8985 / Rrim(I) all: 4.673 / % possible all: 99.16 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 0.94→15.44 Å / SU ML: 0.1239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.1338 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.94→15.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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