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万見
- PDB-8qx8: Endosomal membrane tethering complex CORVET -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qx8
タイトルEndosomal membrane tethering complex CORVET
要素
  • (Vacuolar protein sorting-associated protein ...) x 4
  • E3 ubiquitin-protein ligase PEP5
  • Vacuolar membrane protein PEP3
キーワードENDOCYTOSIS / CORVET / membrane fusion / endosome / Rab GTPase / tethering
機能・相同性
機能・相同性情報


histone catabolic process / organelle fusion / CORVET complex / HOPS complex / endosomal vesicle fusion / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to vacuole transport / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance ...histone catabolic process / organelle fusion / CORVET complex / HOPS complex / endosomal vesicle fusion / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to vacuole transport / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / regulation of SNARE complex assembly / Golgi to endosome transport / vesicle fusion with vacuole / vesicle docking / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / vacuole organization / protein targeting to vacuole / endosome organization / Golgi stack / late endosome to vacuole transport / fungal-type vacuole / piecemeal microautophagy of the nucleus / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / vesicle docking involved in exocytosis / endosomal transport / vesicle-mediated transport / protein-membrane adaptor activity / intracellular protein transport / RING-type E3 ubiquitin transferase / autophagy / endocytosis / ubiquitin protein ligase activity / late endosome / actin binding / GTPase binding / early endosome membrane / protein-macromolecule adaptor activity / endosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 8, central domain / Vps8 central TPR / Vps8 RING zinc finger, fungal / VPS8-like, TPR-like repeats / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain / Vacuolar protein sorting protein 11 C terminal ...Vacuolar protein sorting-associated protein 8, central domain / Vps8 central TPR / Vps8 RING zinc finger, fungal / VPS8-like, TPR-like repeats / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain / Vacuolar protein sorting protein 11 C terminal / PEP5/VPS11 N-terminal / PEP5/VPS11 Clathrin repeat / Vam6/VPS39/TRAP1 family / Vps16, C-terminal / Vps16, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vps16, C-terminal domain superfamily / Vps16, C-terminal region / Vps16, N-terminal region / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Vps8 beta-propeller / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a / Sec1 family / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Ring finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / Vacuolar protein sorting-associated protein 3 / Vacuolar membrane protein PEP3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 8 / Vacuolar protein sorting-associated protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Shvarev, D. / Ungermann, C. / Moeller, A.
資金援助 ドイツ, 6件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)UN111/5-6 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MO2752/3-6 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1557 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST190/196-1 FUGG ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchDLR 01ED2010 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the endosomal CORVET tethering complex.
著者: Dmitry Shvarev / Caroline König / Nicole Susan / Lars Langemeyer / Stefan Walter / Angela Perz / Florian Fröhlich / Christian Ungermann / Arne Moeller /
要旨: Cells depend on their endolysosomal system for nutrient uptake and downregulation of plasma membrane proteins. These processes rely on endosomal maturation, which requires multiple membrane fusion ...Cells depend on their endolysosomal system for nutrient uptake and downregulation of plasma membrane proteins. These processes rely on endosomal maturation, which requires multiple membrane fusion steps. Early endosome fusion is promoted by the Rab5 GTPase and its effector, the hexameric CORVET tethering complex, which is homologous to the lysosomal HOPS. How these related complexes recognize their specific target membranes remains entirely elusive. Here, we solve the structure of CORVET by cryo-electron microscopy and revealed its minimal requirements for membrane tethering. As expected, the core of CORVET and HOPS resembles each other. However, the function-defining subunits show marked structural differences. Notably, we discover that unlike HOPS, CORVET depends not only on Rab5 but also on phosphatidylinositol-3-phosphate (PI3P) and membrane lipid packing defects for tethering, implying that an organelle-specific membrane code enables fusion. Our data suggest that both shape and membrane interactions of CORVET and HOPS are conserved in metazoans, thus providing a paradigm how tethering complexes function.
履歴
登録2023年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年7月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Vacuolar protein sorting-associated protein 8
D: Vacuolar protein sorting-associated protein 33
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 16
A: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5
E: Vacuolar protein sorting-associated protein 3
C: Vacuolar membrane protein PEP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)662,5316
ポリマ－662,5316
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 4種, 4分子 FDBE

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 8 / Vacuolar protein-targeting protein 8


分子量: 148102.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS8, VPT8, YAL002W, FUN15 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39702
#2: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / Protein SLP1 / Vacuolar morphogenesis protein 5


分子量: 79354.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS33, SLP1, VAM5, YLR396C, L8084.15 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20795
#3: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vacuolar morphogenesis protein 9 / Vacuolar protein-targeting protein 16


分子量: 92857.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS16, VAM9, VPT16, YPL045W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03308
#5: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 3 / Vacuolar protein-targeting protein 17


分子量: 117069.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS3, VPT17, YDR495C, D9719.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23643

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#4: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / Carboxypeptidase Y-deficient protein 5 / Histone E3 ligase PEP5 / RING-type E3 ubiquitin ...Carboxypeptidase Y-deficient protein 5 / Histone E3 ligase PEP5 / RING-type E3 ubiquitin transferase PEP5 / Vacuolar biogenesis protein END1 / Vacuolar morphogenesis protein 1 / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein-targeting protein 11


分子量: 117617.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PEP5, END1, VAM1, VPL9, VPS11, VPT11, YMR231W, YM9959.13
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12868, RING-type E3 ubiquitin transferase
#6: タンパク質 Vacuolar membrane protein PEP3 / Carboxypeptidase Y-deficient protein 3 / Vacuolar morphogenesis protein 8 / Vacuolar protein ...Carboxypeptidase Y-deficient protein 3 / Vacuolar morphogenesis protein 8 / Vacuolar protein sorting-associated protein 18 / Vacuolar protein-targeting protein 18


分子量: 107531.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PEP3, VAM8, VPS18, VPT18, YLR148W, L9634.2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27801

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Endosomal membrane tethering complex CORVET / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219391 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00230592
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50741762
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0124605
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045160
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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