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- PDB-8qx6: Novel laminarin-binding CBM X584 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qx6
タイトルNovel laminarin-binding CBM X584
要素PKD domain-containing protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM X584 / Surface glycan binding protein / carbohydrate binding module / ligand complex
機能・相同性Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / PKD domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Christiangramia forsetii KT0803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zuehlke, M.K. / Jeudy, A. / Czjzek, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR 2406 ドイツ
引用ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2024
タイトル: Unveiling the role of novel carbohydrate-binding modules in laminarin interaction of multimodular proteins from marine Bacteroidota during phytoplankton blooms.
著者: Zuhlke, M.K. / Ficko-Blean, E. / Bartosik, D. / Terrapon, N. / Jeudy, A. / Jam, M. / Wang, F. / Welsch, N. / Durwald, A. / Martin, L.T. / Larocque, R. / Jouanneau, D. / Eisenack, T. / Thomas, ...著者: Zuhlke, M.K. / Ficko-Blean, E. / Bartosik, D. / Terrapon, N. / Jeudy, A. / Jam, M. / Wang, F. / Welsch, N. / Durwald, A. / Martin, L.T. / Larocque, R. / Jouanneau, D. / Eisenack, T. / Thomas, F. / Trautwein-Schult, A. / Teeling, H. / Becher, D. / Schweder, T. / Czjzek, M.
履歴
登録2023年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PKD domain-containing protein
B: PKD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1944
ポリマ－36,1852
非ポリマー1,0092
水1,63991
1
A: PKD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5972
ポリマ－18,0921
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PKD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5972
ポリマ－18,0921
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.439, 58.119, 91.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PKD domain-containing protein


分子量: 18092.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: isolated carbohydrate binding module part of the protein with Uniprot code A0M709
由来: (組換発現) Christiangramia forsetii KT0803 (バクテリア)
遺伝子: GFO_3465
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0M709
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7
詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0, 6% ethanol and 4% polyethylenglycol (PEG) 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 gasstream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.42 Å / Num. obs: 23977 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1610 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.59 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→47.42 Å / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.186
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1216 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 22698 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2550 0 68 91 2709
拘束条件タイプ: NCS Local / Dev ideal: 0.14 / Weight: 0.05
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 68 -
Rwork0.395 1610 -
obs--96.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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