PDB-8qx0: Ligninolytic manganese peroxidase Ape-MnP1 from Agaricales mushro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qx0

タイトル

Ligninolytic manganese peroxidase Ape-MnP1 from Agaricales mushrooms in complex with a manganese ion

要素

Peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Manganese peroxidase / Fungal / ligninolytic

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrocybe pediades (ハタケキノコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.247 Å

データ登録者

Santillana, E. / Romero, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels Bioprod / 年: 2024
タイトル: Structure-function characterization of two enzymes from novel subfamilies of manganese peroxidases secreted by the lignocellulose-degrading Agaricales fungi Agrocybe pediades and Cyathus striatus.
著者: Sanchez-Ruiz, M.I. / Santillana, E. / Linde, D. / Romero, A. / Martinez, A.T. / Ruiz-Duenas, F.J.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qx0.cif.gz	85.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qx0.ent.gz	59.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qx0_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qx0_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	8qx0_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	8qx0_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qwtC 8qwxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxidase

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.630, 39.811, 63.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Peroxidase / Manganese peroxidase 分子量: 34925.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrocybe pediades (ハタケキノコ) 遺伝子: D9613_004605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4QK56, manganese peroxidase

-
非ポリマー , 6種, 187分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 30% P2000 MME, 0,1 M sodium citrate, pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→62.29 Å / Num. obs: 81601 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.24→1.27 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3964 / CC_1/2: 0.539 / R_pim(I) all: 0.493 / R_rim(I) all: 0.7 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.247→62.284 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 0.784 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	4019	4.926 %
R_work	0.1775	77575	-
all	0.179	-	-
obs	-	81594	95.081 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.048 Å²	0 Å²	0.415 Å²
2-	-	-0.581 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.424 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.247→62.284 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2450	0	73	179	2702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.059	1.817	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.362	1.732	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.939	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.669	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.853	10	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.801	10	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.067	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.063	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.271	1.18	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.269	1.179	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.866	2.121	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.869	2.122	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.377	1.409	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.379	1.411	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.421	2.454	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.42	2.455	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.91	11.806	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.889	11.146	2885

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.247-1.279	0.303	280	0.293	5663	0.294	6285	0.932	0.939	94.5585	0.28
1.279-1.314	0.285	292	0.265	5527	0.266	6136	0.948	0.948	94.8338	0.246
1.314-1.353	0.241	271	0.244	5377	0.244	5992	0.959	0.956	94.259	0.22
1.353-1.394	0.234	235	0.222	5195	0.223	5807	0.958	0.965	93.5078	0.196
1.394-1.44	0.218	274	0.207	5092	0.207	5626	0.968	0.969	95.3786	0.181
1.44-1.49	0.212	267	0.193	4930	0.194	5447	0.967	0.974	95.4103	0.167
1.49-1.547	0.186	242	0.176	4799	0.177	5288	0.976	0.979	95.329	0.152
1.547-1.61	0.187	225	0.16	4366	0.161	5052	0.976	0.983	90.8749	0.14
1.61-1.681	0.185	222	0.154	4432	0.155	4877	0.978	0.984	95.4275	0.136
1.681-1.763	0.176	256	0.148	4210	0.15	4641	0.981	0.986	96.2293	0.134
1.763-1.858	0.177	202	0.149	4124	0.15	4450	0.979	0.986	97.2135	0.138
1.858-1.971	0.191	207	0.153	3816	0.155	4183	0.978	0.985	96.175	0.147
1.971-2.107	0.185	179	0.156	3501	0.157	3961	0.976	0.985	92.9058	0.155
2.107-2.276	0.18	182	0.156	3416	0.157	3671	0.978	0.985	98.0114	0.159
2.276-2.493	0.159	185	0.15	3173	0.15	3415	0.985	0.986	98.3309	0.159
2.493-2.786	0.185	139	0.169	2759	0.17	3059	0.982	0.983	94.7368	0.183
2.786-3.216	0.23	127	0.19	2420	0.192	2737	0.967	0.977	93.0581	0.213
3.216-3.936	0.222	96	0.187	2214	0.188	2332	0.971	0.978	99.0566	0.22
3.936-5.556	0.171	79	0.171	1601	0.171	1804	0.977	0.984	93.1264	0.217
5.556-62.284	0.217	59	0.192	960	0.193	1052	0.978	0.979	96.8631	0.254

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