PDB-8qwx: Ligninolytic manganese peroxidase Ape-MnP1 from Agaricales mushrooms

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qwx

タイトル

Ligninolytic manganese peroxidase Ape-MnP1 from Agaricales mushrooms

要素

Peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Manganese peroxidase / Fungal / ligninolytic

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrocybe pediades (ハタケキノコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Santillana, E. / Romero, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels Bioprod / 年: 2024
タイトル: Structure-function characterization of two enzymes from novel subfamilies of manganese peroxidases secreted by the lignocellulose-degrading Agaricales fungi Agrocybe pediades and Cyathus striatus.
著者: Sanchez-Ruiz, M.I. / Santillana, E. / Linde, D. / Romero, A. / Martinez, A.T. / Ruiz-Duenas, F.J.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qwx.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qwx.ent.gz	60.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qwx_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qwx_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8qwx_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8qwx_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qwtC 8qx0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxidase

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.623, 39.630, 63.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.231, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Peroxidase / Manganese peroxidase 分子量: 34611.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrocybe pediades (ハタケキノコ) 遺伝子: D9613_004605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4QK56, manganese peroxidase

-
非ポリマー , 5種, 216分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 30% P2000 MME, 0,1 M sodium citrate, pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.781 Å / Num. obs: 39894 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1967 / CC_1/2: 0.801 / R_pim(I) all: 0.428 / R_rim(I) all: 0.569 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→48.781 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.438 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1864	1981	4.967 %
R_work	0.1508	37900	-
all	0.153	-	-
obs	-	39881	97.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.934 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.551 Å²	-0 Å²	0.541 Å²
2-	-	0.038 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.781 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2428	0	85	207	2720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.876	1.816	3542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.628	1.729	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.644	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.832	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.31	10	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.026	10	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.058	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.124	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.523	1.578	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.517	1.577	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.211	2.835	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.21	2.835	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.128	1.928	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.127	1.931	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.665	3.336	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.664	3.338	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.235	15.305	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.199	14.884	2873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.261	164	0.244	2760	0.244	2979	0.956	0.971	98.1537	0.219
1.642-1.686	0.222	118	0.219	2716	0.219	2915	0.97	0.974	97.2213	0.19
1.686-1.735	0.196	137	0.176	2618	0.177	2805	0.978	0.982	98.2175	0.151
1.735-1.789	0.19	159	0.155	2556	0.157	2759	0.979	0.986	98.4052	0.133
1.789-1.847	0.181	126	0.141	2502	0.143	2680	0.979	0.987	98.0597	0.121
1.847-1.912	0.183	123	0.144	2402	0.146	2573	0.979	0.987	98.1345	0.125
1.912-1.984	0.21	126	0.151	2318	0.154	2517	0.974	0.986	97.0997	0.133
1.984-2.065	0.18	116	0.143	2217	0.145	2374	0.982	0.988	98.273	0.132
2.065-2.156	0.166	100	0.144	2163	0.145	2298	0.984	0.989	98.4769	0.133
2.156-2.262	0.169	121	0.139	2048	0.141	2206	0.986	0.99	98.3228	0.131
2.262-2.384	0.172	109	0.132	1963	0.134	2095	0.984	0.99	98.9021	0.124
2.384-2.528	0.162	84	0.133	1868	0.134	1993	0.984	0.99	97.9428	0.127
2.528-2.702	0.182	85	0.13	1756	0.132	1885	0.984	0.99	97.6658	0.125
2.702-2.918	0.162	94	0.141	1606	0.142	1732	0.986	0.988	98.1524	0.14
2.918-3.195	0.202	58	0.161	1543	0.162	1626	0.976	0.984	98.4625	0.16
3.195-3.57	0.218	71	0.16	1374	0.163	1478	0.973	0.985	97.7673	0.165
3.57-4.119	0.168	49	0.139	1186	0.14	1286	0.982	0.989	96.0342	0.15
4.119-5.035	0.152	61	0.133	1033	0.134	1117	0.988	0.992	97.9409	0.146
5.035-7.083	0.176	54	0.179	790	0.179	871	0.986	0.988	96.9001	0.196
7.083-48.781	0.328	26	0.178	481	0.184	513	0.962	0.986	98.8304	0.201

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