+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qww | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the amyloid-forming peptide LYIQWL from Tc5b, grown from 10% ethanol without TFA | ||||||||||||
要素 | Peptide LYIQWL from Tc5b | ||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Durvanger, Z. | ||||||||||||
資金援助 | ハンガリー, European Union, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Solvent induced amyloid polymorphism and the uncovering of the elusive class 3 amyloid topology. 著者: Durvanger, Z. / Bencs, F. / Menyhard, D.K. / Horvath, D. / Perczel, A. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qww.cif.gz | 22 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8qww.ent.gz | 11.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qww.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qww_validation.pdf.gz | 411.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8qww_full_validation.pdf.gz | 411.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qww_validation.xml.gz | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qww_validation.cif.gz | 2.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qww | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 835.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization 詳細: The peptide was dissolved in 10 v/v% ethanol at 0.5 mg/ml concentration and incubated at 310K. |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→19.05 Å / Num. obs: 1372 / % possible obs: 97.93 % / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 6.35 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 132 / CC1/2: 0.727 / Rrim(I) all: 0.567 / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→19.05 Å / SU ML: 0.0897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.7021 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.05 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→19.05 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.95823275698 Å / Origin y: 4.03530295693 Å / Origin z: 5.48028424488 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |