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- PDB-8qwv: Structure of the amyloid-forming peptide LYIQNL, grown in the pre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qwv
タイトルStructure of the amyloid-forming peptide LYIQNL, grown in the presence of ethanol
要素Peptide LYIQNL
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid
機能・相同性ETHANOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Durvanger, Z.
資金援助 ハンガリー, European Union, 3件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation Office2018-1.2.1-NKP-2018-00005 ハンガリー
European Regional Development FundVEKOP-2.3.2-16-2017-00014, VEKOP-2.3.3-15-2017-00018European Union
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeThematic Excellence Program Synth+ ハンガリー
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Solvent induced amyloid polymorphism and the uncovering of the elusive class 3 amyloid topology.
著者: Durvanger, Z. / Bencs, F. / Menyhard, D.K. / Horvath, D. / Perczel, A.
履歴
登録2023年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide LYIQNL
B: Peptide LYIQNL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6184
ポリマ－1,5262
非ポリマー922
水905
1
A: Peptide LYIQNL
B: Peptide LYIQNL
ヘテロ分子

A: Peptide LYIQNL
B: Peptide LYIQNL
ヘテロ分子

A: Peptide LYIQNL
B: Peptide LYIQNL
ヘテロ分子

A: Peptide LYIQNL
B: Peptide LYIQNL
ヘテロ分子

A: Peptide LYIQNL
B: Peptide LYIQNL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,09020
ポリマ－7,62910
非ポリマー46110
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_355x-2,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_755x+2,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)4.836, 42.405, 22.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide LYIQNL


分子量: 762.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 4.8
詳細: Peptide dissolved in 0.1M acetate (pH 4.80) at 0.15 mg/ml concentration was equilibrated against 60% ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.66 Å / Num. obs: 988 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.83 % / Biso Wilson estimate: 10.67 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 82 / CC1/2: 0.415 / Rrim(I) all: 0.63 / % possible all: 92.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.66 Å / SU ML: 0.1391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 14.6778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 103 10.49 %
Rwork0.1546 879 -
obs0.1584 982 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数108 0 6 5 119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.715172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.450847
LS精密化 シェル解像度: 1.7→19.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 103 -
Rwork0.1546 879 -
obs--98.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.62331674088 Å / Origin y: 0.487485497637 Å / Origin z: 6.00345622728 Å
111213212223313233
T0.0192251908832 Å2-0.00995022652758 Å2-0.0127616902705 Å2-0.0801960306386 Å2-0.0200845662974 Å2--0.0883631153349 Å2
L1.49765916043 °2-0.114241025809 °2-0.324242240796 °2-1.49564331004 °20.0606806587372 °2--3.43003534824 °2
S0.0494454859331 Å °-0.155815711794 Å °0.00380062099923 Å °-0.0829569806928 Å °0.00587465277809 Å °-0.0112512077058 Å °0.0719340411263 Å °-0.0722511129361 Å °-0.0566023969725 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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