PDB-8qwt: Ligninolytic manganese peroxidase Cst-MnP1 from Agaricales mushro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qwt

タイトル

Ligninolytic manganese peroxidase Cst-MnP1 from Agaricales mushrooms in complex with a manganese ion

要素

Peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Manganese peroxidase / Fungal / ligninolytic

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / :

機能・相同性情報

生物種

Cyathus striatus (スジチャダイゴケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Santillana, E. / Romero, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels Bioprod / 年: 2024
タイトル: Structure-function characterization of two enzymes from novel subfamilies of manganese peroxidases secreted by the lignocellulose-degrading Agaricales fungi Agrocybe pediades and Cyathus striatus.
著者: Sanchez-Ruiz, M.I. / Santillana, E. / Linde, D. / Romero, A. / Martinez, A.T. / Ruiz-Duenas, F.J.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qwt.cif.gz	86.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qwt.ent.gz	60.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qwt_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qwt_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8qwt_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8qwt_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qwxC 8qx0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxidase

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.790, 56.640, 109.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Peroxidase / Manganese peroxidase 分子量: 34412.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyathus striatus (スジチャダイゴケ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: manganese peroxidase

-
非ポリマー , 7種, 182分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 8000, 0,1 M Tris-HCl, pH 7, 0,3M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→56.64 Å / Num. obs: 48414 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 1.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2237 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.773 / R_rim(I) all: 1.389 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→54.755 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 1.666 / SU ML: 0.058 / Average fsc free: 0.9627 / Average fsc work: 0.9693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1888	2432	5.031 %
R_work	0.1632	45904	-
all	0.164	-	-
obs	-	48336	99.855 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.362 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.688 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.674 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→54.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2415	0	104	170	2689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.863	1.824	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.671	1.765	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.881	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.737	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.107	10	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.696	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.04	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.307	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.28	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.629	1.641	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.628	1.641	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.387	2.946	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.388	2.948	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.344	1.88	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.341	1.88	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.422	3.308	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.422	3.309	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.429	18.676	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.429	18.681	2926

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.294	188	0.284	3341	0.285	3538	0.922	0.915	99.7456	0.269
1.539-1.581	0.302	179	0.266	3224	0.268	3409	0.924	0.93	99.824	0.25
1.581-1.627	0.259	169	0.24	3157	0.241	3331	0.942	0.945	99.8499	0.222
1.627-1.677	0.25	176	0.211	3085	0.213	3263	0.949	0.959	99.9387	0.194
1.677-1.732	0.23	133	0.197	3041	0.199	3178	0.961	0.967	99.8741	0.179
1.732-1.793	0.22	145	0.184	2908	0.186	3056	0.958	0.971	99.9018	0.166
1.793-1.86	0.226	144	0.167	2783	0.169	2930	0.966	0.977	99.8976	0.151
1.86-1.936	0.196	143	0.154	2704	0.156	2851	0.975	0.983	99.8597	0.142
1.936-2.022	0.179	147	0.148	2598	0.15	2748	0.978	0.985	99.8908	0.138
2.022-2.121	0.172	118	0.144	2486	0.146	2607	0.98	0.985	99.8849	0.137
2.121-2.235	0.185	132	0.144	2364	0.146	2500	0.974	0.986	99.84	0.139
2.235-2.37	0.175	129	0.14	2254	0.142	2386	0.981	0.987	99.8743	0.139
2.37-2.534	0.171	103	0.138	2118	0.14	2228	0.978	0.987	99.6858	0.137
2.534-2.736	0.172	97	0.14	1987	0.141	2087	0.981	0.987	99.8563	0.14
2.736-2.997	0.214	86	0.155	1846	0.158	1936	0.968	0.985	99.7934	0.16
2.997-3.349	0.184	83	0.157	1661	0.158	1747	0.977	0.985	99.8283	0.165
3.349-3.865	0.139	80	0.148	1483	0.147	1563	0.989	0.987	100	0.159
3.865-4.728	0.139	83	0.137	1268	0.137	1351	0.987	0.989	100	0.153
4.728-6.661	0.177	65	0.173	983	0.173	1052	0.982	0.986	99.6198	0.189
6.661-54.755	0.211	32	0.17	613	0.172	645	0.979	0.979	100	0.182

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