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- PDB-8qws: Crystal structure of CotB2 variant V80L in complex with alendronate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qws
タイトルCrystal structure of CotB2 variant V80L in complex with alendronate
要素Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
キーワードLYASE / TERPENE SYNTHASE / CYCLOOCTATIN
機能・相同性cyclooctat-9-en-7-ol synthase / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / isomerase activity / lyase activity / metal ion binding / ACETATE ION / 4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE / Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces melanosporofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dimos, N. / Himpich, S. / Ringel, M. / Driller, R. / Major, D.T. / Brueck, T. / Loll, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI-85-302.5-2019 ドイツ
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2024
タイトル: How Can the Diterpene Synthase CotB2V80L Alter the Product Profile?
著者: Himpich, S. / Ringel, M. / Schwartz, R. / Dimos, N. / Driller, R. / Helmer, C.P.O. / Kumar Gupta, P. / Haack, M. / Thomas Major, D. / Bruck, T. / Loll, B.
履歴
登録2023年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
B: Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,95634
ポリマ－73,5692
非ポリマー2,38732
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10130 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.173, 98.514, 107.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclooctat-9-en-7-ol synthase


分子量: 36784.551 Da / 分子数: 2 / 変異: V80L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces melanosporofaciens (バクテリア)
遺伝子: CotB2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9K1X5

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非ポリマー , 8種, 347分子

#2: 化合物 ChemComp-AHD / 4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE / ALENDRONATE / FOSAMAX (TM)


分子量: 245.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 7 % PEG8000, 0.15 M Mgacetate, 10% ethylenglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 86123 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 23.95 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 2.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 13768 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GGJ

6ggj


解像度: 1.6→47.16 Å / SU ML: 0.1844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6543
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 4287 5 %
Rwork0.1718 81508 -
obs0.1734 85795 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4693 0 148 315 5156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01165251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12657142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0107927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3282020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.3541400.35482664X-RAY DIFFRACTION98.52
1.62-1.640.35051410.3422688X-RAY DIFFRACTION99.61
1.64-1.660.36541400.32542659X-RAY DIFFRACTION99.4
1.66-1.680.3231410.31422690X-RAY DIFFRACTION99.37
1.68-1.70.30281420.30712708X-RAY DIFFRACTION99.23
1.7-1.720.30761380.2942639X-RAY DIFFRACTION99.5
1.72-1.750.31211440.27242725X-RAY DIFFRACTION99.41
1.75-1.770.31341400.26382651X-RAY DIFFRACTION99.32
1.77-1.80.29071420.2452697X-RAY DIFFRACTION99.02
1.8-1.830.2641420.21922675X-RAY DIFFRACTION99.3
1.83-1.860.26031390.21032701X-RAY DIFFRACTION99.4
1.86-1.90.25521410.20282691X-RAY DIFFRACTION99.68
1.9-1.930.22871430.19052705X-RAY DIFFRACTION99.62
1.93-1.970.19921400.17072695X-RAY DIFFRACTION99.23
1.97-2.020.21471410.16442667X-RAY DIFFRACTION99.57
2.02-2.060.21721430.15032730X-RAY DIFFRACTION99.52
2.06-2.110.18521410.15762700X-RAY DIFFRACTION99.44
2.11-2.170.20281420.15522693X-RAY DIFFRACTION99.3
2.17-2.240.20521430.15232710X-RAY DIFFRACTION99.69
2.24-2.310.19081420.14992694X-RAY DIFFRACTION99.61
2.31-2.390.18621450.1522738X-RAY DIFFRACTION99.65
2.39-2.490.18661430.15132711X-RAY DIFFRACTION99.76
2.49-2.60.19581440.15852746X-RAY DIFFRACTION99.9
2.6-2.740.19661450.1572739X-RAY DIFFRACTION99.9
2.74-2.910.21450.15162758X-RAY DIFFRACTION99.38
2.91-3.130.19871440.15632723X-RAY DIFFRACTION99.41
3.13-3.450.17881460.15662767X-RAY DIFFRACTION99.93
3.45-3.950.17851470.14222797X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.970.17651480.1422812X-RAY DIFFRACTION100
4.97-47.160.19751550.19662935X-RAY DIFFRACTION99.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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