+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qwr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of CotB2 variant V80L | ||||||
![]() | Cyclooctat-9-en-7-ol synthase | ||||||
![]() | LYASE / TERPENE SYNTHASE / CYCLOOCTATIN | ||||||
機能・相同性 | cyclooctat-9-en-7-ol synthase / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / isomerase activity / lyase activity / metal ion binding / Cyclooctat-9-en-7-ol synthase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dimos, N. / Himpich, S. / Ringel, M. / Driller, R. / Major, D.T. / Brueck, T. / Loll, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CotB2 variant V80L 著者: Dimos, N. / Himpich, S. / Driller, R. / Loll, B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 109.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 469.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4omgS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36784.551 Da / 分子数: 2 / 変異: V80L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CotB2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 0.1M CAPS pH 10.0, 19% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 72214 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 11239 / CC1/2: 0.984 / Rrim(I) all: 0.521 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OMG 解像度: 1.7→47.83 Å / SU ML: 0.1343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9657 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.83 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|