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万見
- PDB-8qwq: Magic-angle spinning NMR Structure of Opa60 in Lipid Bilayers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qwq
タイトルMagic-angle spinning NMR Structure of Opa60 in Lipid Bilayers
要素Opacity protein opA60 (Fragment)
キーワードCELL ADHESION / STRUCTURE FROM CYANA 3.98.15 / BETA BARREL / BACTERIAL OUTER MEMBRANE
機能・相同性Porin, opacity type / Opacity family porin protein / Outer membrane autotransporter barrel / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / porin activity / Cell surface interactions at the vascular wall / cell outer membrane / Opacity protein opA60
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Forster, M.C. / Andreas, L.B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)AN1316 ドイツ
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: Magic-angle spinning NMR structure of Opa60 in lipid bilayers.
著者: Forster, M.C. / Tekwani Movellan, K. / Najbauer, E.E. / Becker, S. / Andreas, L.B.
履歴
登録2023年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Opacity protein opA60 (Fragment)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7731
ポリマ－28,7731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 2000target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Opacity protein opA60 (Fragment)


分子量: 28772.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: opaH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04884

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
1121isotropic1(H)NH
111isotropic1(H)CANH
121isotropic1(H)(CO)CA(CO)NH
131isotropic2(H)(CA)CB(CA)NH
141isotropic2(H)(CA)CB(CA)(CO)NH
151isotropic1(H)CONH
161isotropic1(H)CO(CA)NH
171isotropic1(H)N(CA)(CO)NH
181isotropic1HN(H)(H)NH
192isotropic3(H)CANH
1102isotropic3(H)NCAHA
1112isotropic3HC(H)(H)CH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
membrane120 mM NA sodium phosphate, 100 mM NA sodium chloride, 20 mM NA magnesium chloride, 33 % w/w NA dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 67 % w/w [U-99% 13C; U-99% 15N; U-98% 2H] protein, waterLipid bilayer reconstitution2H13C15N_samplewater
membrane220 mM NA sodium phosphate, 100 mM NA sodium chloride, 20 mM NA magnesium chloride, 33 % w/w Acyl chain deuterated (d54) dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 67 % w/w [U-99% 13C; U-99% 15N; U-98% 2H] protein, waterLipid bilayer reconstitution1H13C15N_samplewater
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphateNA1
100 mMsodium chlorideNA1
20 mMmagnesium chlorideNA1
33 % w/wdimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholineNA1
67 % w/wprotein[U-99% 13C; U-99% 15N; U-98% 2H]1
20 mMsodium phosphateNA2
100 mMsodium chlorideNA2
20 mMmagnesium chlorideNA2
33 % w/wdimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholineAcyl chain deuterated (d54)2
67 % w/wprotein[U-99% 13C; U-99% 15N; U-98% 2H]2
試料状態イオン強度: 140 mM / Label: conditions / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD80011.3 mm HCN probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD60021.3 mm HCN probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD95030.7 mm HCND probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLデータ解析
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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