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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qw4 | ||||||
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タイトル | FZD3 in complex with nanobody 9 | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION / FZD3 Nanobody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / establishment of planar polarity / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Wnt receptor activity / midbrain morphogenesis / motor neuron migration / non-canonical Wnt signaling pathway / sympathetic ganglion development ...dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / establishment of planar polarity / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Wnt receptor activity / midbrain morphogenesis / motor neuron migration / non-canonical Wnt signaling pathway / sympathetic ganglion development / filopodium tip / Wnt-protein binding / post-anal tail morphogenesis / negative regulation of execution phase of apoptosis / commissural neuron axon guidance / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / presynaptic active zone / hair follicle development / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / response to electrical stimulus / neural tube closure / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / PDZ domain binding / neuron differentiation / Ca2+ pathway / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Jones, E.Y. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural insights into Frizzled3 through nanobody modulators. 著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / ...著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / Yanan Zhu / Tao Ni / E Yvonne Jones / 要旨: The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb) ...The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb). The crystal structure of Nb8 in complex with the FZD3 cysteine-rich domain (CRD) reveals that the nanobody binds at the base of the lipid-binding groove and can compete with Wnt5a. Nb8 fused with the Dickkopf-1 C-terminal domain behaves as a FZD3-specific Wnt surrogate, activating β-catenin signalling. The cryo-EM structure of FZD3 in complex with Nb9 reveals partially resolved density for the CRD, which exhibits positional flexibility, and a transmembrane conformation that resembles active GPCRs. Nb9 binds to the cytoplasmic region of FZD3 at the putative Dishevelled (DVL) or G protein-binding site, competes with DVL binding, and inhibits GαS coupling. In combination, our FZD3 structures with nanobody modulators map extracellular and intracellular interaction surfaces of functional, and potentially therapeutic, relevance. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qw4.cif.gz | 92.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qw4.ent.gz | 67.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qw4_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qw4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qw4_validation.xml.gz | 39.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qw4_validation.cif.gz | 55 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qw4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18680MC 8q7oC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60559.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPG1 |
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#2: 抗体 | 分子量: 14084.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: FZD3 Nanobody Nb9 complex / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 330717 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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