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万見
- PDB-8qw4: FZD3 in complex with nanobody 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qw4
タイトルFZD3 in complex with nanobody 9
要素
  • Frizzled-3
  • Nanobody Nb9
キーワードCELL ADHESION / FZD3 Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / establishment of planar polarity / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / motor neuron migration / sympathetic ganglion development ...dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / establishment of planar polarity / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / motor neuron migration / sympathetic ganglion development / filopodium tip / Wnt-protein binding / post-anal tail morphogenesis / commissural neuron axon guidance / negative regulation of execution phase of apoptosis / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / hair follicle development / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / response to electrical stimulus / presynaptic active zone membrane / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / Ca2+ pathway / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled 3, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled 3, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao, Y. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust223133/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into Frizzled3 through nanobody modulators.
著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / ...著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / Yanan Zhu / Tao Ni / E Yvonne Jones /
要旨: The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb) ...The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb). The crystal structure of Nb8 in complex with the FZD3 cysteine-rich domain (CRD) reveals that the nanobody binds at the base of the lipid-binding groove and can compete with Wnt5a. Nb8 fused with the Dickkopf-1 C-terminal domain behaves as a FZD3-specific Wnt surrogate, activating β-catenin signalling. The cryo-EM structure of FZD3 in complex with Nb9 reveals partially resolved density for the CRD, which exhibits positional flexibility, and a transmembrane conformation that resembles active GPCRs. Nb9 binds to the cytoplasmic region of FZD3 at the putative Dishevelled (DVL) or G protein-binding site, competes with DVL binding, and inhibits GαS coupling. In combination, our FZD3 structures with nanobody modulators map extracellular and intracellular interaction surfaces of functional, and potentially therapeutic, relevance.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-3
B: Nanobody Nb9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6442
ポリマ－74,6442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-3


分子量: 60559.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPG1
#2: 抗体 Nanobody Nb9


分子量: 14084.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FZD3 Nanobody Nb9 complex / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 330717 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0073562
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0594826
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d41.226475
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.058550
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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