PDB-8qw3: Human NDPK-C in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qw3

タイトル

Human NDPK-C in complex with ADP

要素

Nucleoside diphosphate kinase 3

キーワード

TRANSFERASE / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside triphosphate biosynthetic process / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / mitochondrial fusion / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / mitochondrial outer membrane / ciliary basal body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.255 Å

データ登録者

Werten, S. / Amjadi, R. / Scheffzek, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Insights into Substrate Recognition of Human Nucleoside Diphosphate Kinase C Based on Nucleotide-Induced Structural Changes.
著者: Amjadi, R. / Werten, S. / Lomada, S.K. / Baldin, C. / Scheffzek, K. / Dunzendorfer-Matt, T. / Wieland, T.

履歴

登録	2023年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qw3.cif.gz	428.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qw3.ent.gz	330.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qw3_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qw3_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	8qw3_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	8qw3_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase 3

B: Nucleoside diphosphate kinase 3

C: Nucleoside diphosphate kinase 3

D: Nucleoside diphosphate kinase 3

E: Nucleoside diphosphate kinase 3

F: Nucleoside diphosphate kinase 3

ヘテロ分子

108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.315, 67.865, 68.423
Angle α, β, γ (deg.)	108.492, 112.343, 101.105
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase 3 分子量: 17545.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NME3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13232
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4 詳細: 6% PEG 3350, 150 mM Li2SO4, 100 mM Tri-sodium citrate pH 5.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0052 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0052 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→60.12 Å / Num. obs: 198602 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.8 Å² / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.947 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 9337 / CC_1/2: 0.401 / R_pim(I) all: 0.947 / R_rim(I) all: 1.339 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.255→60.119 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1755	2119	1.067 %
R_work	0.1467	196386	-
all	0.147	-	-
obs	-	198505	94.108 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.238 Å²	-0.167 Å²	-0.151 Å²
2-	-	-0.071 Å²	-0.243 Å²
3-	-	-	0.425 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.255→60.119 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7253	0	177	542	7972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	7794
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	7308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.654	10609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.916	1.582	16736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.378	5	949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.308	5	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.355	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.919	10	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.609	10	365
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	6984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.389	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.41	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.148	1.835	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.127	1.835	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.76	3.294	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.761	3.295	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.6	2.315	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.6	2.315	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.325	4.075	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.324	4.075	5891
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.293	22.894	8894
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.884	22.384	8812
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.395	3	15102

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.255-1.288	0.284	160	0.338	13819	0.337	15648	0.903	0.92	89.3341	0.344
1.288-1.323	0.311	135	0.307	13579	0.308	15161	0.934	0.941	90.4558	0.312
1.323-1.361	0.252	134	0.291	13307	0.291	14809	0.958	0.949	90.7624	0.295
1.361-1.403	0.291	130	0.263	12838	0.264	14383	0.955	0.957	90.162	0.267
1.403-1.449	0.243	165	0.236	12594	0.236	13891	0.968	0.966	91.8508	0.236
1.449-1.5	0.239	163	0.184	12371	0.184	13458	0.971	0.98	93.1342	0.174
1.5-1.556	0.178	136	0.129	12153	0.13	13011	0.98	0.989	94.4509	0.121
1.556-1.62	0.165	123	0.119	11698	0.12	12488	0.984	0.992	94.6589	0.111
1.62-1.692	0.181	127	0.117	11293	0.117	12028	0.981	0.992	94.9451	0.109
1.692-1.774	0.157	141	0.111	10804	0.111	11423	0.986	0.993	95.8155	0.104
1.774-1.87	0.145	103	0.104	10337	0.105	10910	0.987	0.994	95.692	0.101
1.87-1.984	0.182	106	0.109	9863	0.11	10320	0.979	0.993	96.5988	0.107
1.984-2.12	0.146	88	0.107	9238	0.108	9654	0.988	0.993	96.6024	0.108
2.12-2.29	0.159	86	0.113	8696	0.113	9039	0.986	0.992	97.1568	0.116
2.29-2.508	0.138	79	0.121	8020	0.121	8301	0.985	0.991	97.5666	0.125
2.508-2.804	0.165	57	0.134	7283	0.134	7486	0.981	0.989	98.0497	0.141
2.804-3.236	0.175	53	0.141	6468	0.142	6639	0.984	0.988	98.2226	0.155
3.236-3.961	0.129	53	0.134	5447	0.134	5572	0.987	0.989	98.7078	0.151
3.961-5.589	0.15	54	0.144	4226	0.144	4318	0.984	0.989	99.12	0.169
5.589-60.119	0.254	26	0.203	2351	0.203	2394	0.968	0.967	99.2899	0.234

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