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- PDB-8qvt: Crystal structure of Zea mays cytokinin oxidase/dehydrogenase 5 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qvt
タイトルCrystal structure of Zea mays cytokinin oxidase/dehydrogenase 5 (ZmCKX5)
要素cytokinin dehydrogenase
キーワードFLAVOPROTEIN / Flavoenzyme / plant hormone / oxidoreductase / maize
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin dehydrogenase / cytokinin dehydrogenase activity / cytokinin metabolic process / FAD binding / oxidoreductase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 ...Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / cytokinin dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kopecny, D. / Briozzo, P.
資金援助 フランス, チェコ, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)France 2030 program ANR-11-IDEX-0003 フランス
Czech Science Foundation21-07661S チェコ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Cytokinin Dehydrogenase in Xylem Sap Reveals A Direct Link Between Metabolism and Long-Distance Transport
著者: Nedved, D. / Motyka, V. / Raimanova, I. / Dobrev, P.I. / Kopecny, D. / Briozzo, P. / Brunoni, F. / Muller, K. / Hoyerova, K.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytokinin dehydrogenase
B: cytokinin dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7269
ポリマ－118,7842
非ポリマー1,9417
水10,539585
1
A: cytokinin dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4866
ポリマ－59,3921
非ポリマー1,0945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cytokinin dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2403
ポリマ－59,3921
非ポリマー8482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.340, 132.400, 185.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cytokinin dehydrogenase


分子量: 59392.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: CKX5, ZEAMMB73_Zm00001d008862 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3T1X0, cytokinin dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 30 % PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→53.9 Å / Num. obs: 135148 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.65→1.73 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 1.303 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 19038 / CC1/2: 0.586 / Rpim(I) all: 0.443 / Rrim(I) all: 1.379 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→53.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Blow DPI: 0.083 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 6756 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.182 135143 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0335 Å20 Å20 Å2
2---3.9671 Å20 Å2
3---2.9337 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→53.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7628 0 130 585 8343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097960HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8910833HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2667SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1450HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7960HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1027SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9742SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 492 5 %
Rwork0.2313 9340 -
all0.2324 9832 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48930.03220.01630.3656-0.05020.95690.02220.06690.0191-0.0548-0.0017-0.00590.0186-0.0373-0.0205-0.11570.01040.006-0.0708-0.0127-0.085722.040423.7181-21.7162
20.6162-0.39240.54131.5912-1.90453.50790.1139-0.1107-0.184-0.36890.14310.22250.5133-0.2078-0.257-0.0943-0.0388-0.06-0.12590.0614-0.085925.5605-16.108214.7524
30.2263-0.13510.18480.8482-0.97631.43580.0698-0.0392-0.0988-0.31430.05370.05350.3545-0.0176-0.1235-0.08250.0068-0.0208-0.06510.0046-0.100426.90283.599-4.1547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 560
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B7 - 560

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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