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- PDB-8qvm: Comparison of room-temperature and cryogenic structures of solubl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qvm
タイトルComparison of room-temperature and cryogenic structures of soluble Epoxide Hydrolase with ligands bound.
要素Bifunctional epoxide hydrolase 2
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / serial crystallography / drug discovery / fixed target / room temperature / microcrystals
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / phospholipid dephosphorylation / epoxide metabolic process / lipid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / phospholipid dephosphorylation / epoxide metabolic process / lipid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / dephosphorylation / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / cholesterol homeostasis / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / peroxisome / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Bifunctional epoxide hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dunge, A. / Uwangue, O. / Phan, C. / Bjelcic, M. / Gunnarsson, J. / Wehlander, G. / Kack, H. / Branden, G.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchID17-0060 スウェーデン
Swedish Research Council2017-06734 スウェーデン
Swedish Research Council2021-05662 スウェーデン
Swedish Research Council2021-05981 スウェーデン
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Exploring serial crystallography for drug discovery.
著者: Dunge, A. / Phan, C. / Uwangue, O. / Bjelcic, M. / Gunnarsson, J. / Wehlander, G. / Kack, H. / Branden, G.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1532
ポリマ－62,0031
非ポリマー1501
水4,234235
1
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3064
ポリマ－124,0052
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area5170 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area43390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.41, 94.41, 247.57
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional epoxide hydrolase 2


分子量: 62002.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P34913
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 % / 解説: Rods
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.2
詳細: 32% PEG 3350, 0.1M Li2SO4 and 0.1M Tris-HCl (pH 8.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.11 Å / Num. obs: 114534 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0.7 / 冗長度: 66.33 % / Biso Wilson estimate: 42.73 Å2 / CC1/2: 0.9513 / R split: 0.1834 / Net I/σ(I): 3.66
反射 シェル解像度: 2→2.01 Å / Num. unique obs: 1938 / CC1/2: 0.45 / R split: 0.9691
Serial crystallography sample delivery解説: silicon nitride membrane (Silson) / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: silicon nitride membrane / Support base: cryo cap

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2234 -RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1993 45033 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8088 Å20 Å20 Å2
2---3.8088 Å20 Å2
3---7.6176 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4307 0 10 235 4552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084431HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.946008HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1545SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes741HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4431HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion564SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3332SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.31
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3676 35 -
Rwork0.3452 --
obs0.3461 901 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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