PDB-8qur: Crystal structure of Ompk36 GD at 3500 eV with no absorption corr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qur

タイトル

Crystal structure of Ompk36 GD at 3500 eV with no absorption corrections

要素

OmpK36

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / long-wavelength x-ray diffraction

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Duman, R. / Wagner, A. / Beis, K. / Wong, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2024
タイトル: Ray-tracing analytical absorption correction for X-ray crystallography based on tomographic reconstructions.
著者: Lu, Y. / Duman, R. / Beilsten-Edmands, J. / Winter, G. / Basham, M. / Evans, G. / Kamps, J.J.A.G. / Orville, A.M. / Kwong, H.S. / Beis, K. / Armour, W. / Wagner, A.

履歴

登録	2023年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qur.cif.gz	388.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qur.ent.gz	312.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qur_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qur_full_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示
XML形式データ	8qur_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	8qur_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8qur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8qur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8quqC 8quuC 8quvC 8quzC 8qvbC 8qvsC 8qvvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OmpK36

B: OmpK36

C: OmpK36

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	232.078, 74.700, 91.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.209, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	OmpK36 / OmpK36 porin / Outer membrane protein C 分子量: 38231.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ompK36, ompC_2, DDJ63_09115, NCTC13443_05288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6QLY1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6 and 12% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 3.5424 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 3.5424 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→107.4 Å / Num. obs: 60652 / % possible obs: 98.77 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.99
反射シェル	解像度: 2.34→2.42 Å / Num. unique obs: 5606 / CC_1/2: 0.814

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.34→107.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 8.635 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2635	3260	5.377 %
R_work	0.2225	57366	-
all	0.225	-	-
obs	-	60626	98.712 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.972 Å²	-0 Å²	0.801 Å²
2-	-	-2.916 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.967 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→107.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8099	0	30	198	8327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	8302
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.659	11245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.488	1.587	16482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.935	5	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.454	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.498	10	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.915	10	465
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	6601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	4588
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.874	4.487	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.874	4.487	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.449	8.03	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.448	8.03	5179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.311	4.972	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.307	4.967	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.59	8.952	6067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.583	8.944	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.427	43.091	9080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.421	43.095	9069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.34-2.4	0.391	244	0.369	3798	X-RAY DIFFRACTION	89.129
2.4-2.465	0.371	202	0.376	4059	X-RAY DIFFRACTION	97.3275
2.465-2.537	0.354	211	0.346	3993	X-RAY DIFFRACTION	98.3162
2.537-2.615	0.35	228	0.298	3863	X-RAY DIFFRACTION	98.721
2.615-2.701	0.344	224	0.261	3787	X-RAY DIFFRACTION	99.184
2.701-2.795	0.261	205	0.221	3665	X-RAY DIFFRACTION	99.7423
2.795-2.901	0.27	184	0.213	3589	X-RAY DIFFRACTION	99.947
2.901-3.019	0.259	239	0.209	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.019-3.153	0.262	191	0.193	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.9714
3.153-3.307	0.258	219	0.206	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.307-3.486	0.238	169	0.2	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.486-3.697	0.297	138	0.236	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.697-3.952	0.243	144	0.206	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.952-4.268	0.208	124	0.186	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.268-4.675	0.177	119	0.163	2325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.675-5.225	0.239	103	0.2	2081	X-RAY DIFFRACTION	100
5.225-6.031	0.314	120	0.226	1842	X-RAY DIFFRACTION	100
6.031-7.381	0.238	74	0.239	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
7.381-10.413	0.233	73	0.2	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
10.413-107.4	0.292	49	0.279	701	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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