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- PDB-8quk: Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100439 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8quk
タイトルHexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100439
要素Spacer peptide 1
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Petit, A.P. / Fyfe, P.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用
ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: Application of an NMR/Crystallography Fragment Screening Platform for the Assessment and Rapid Discovery of New HIV-CA Binding Fragments.
著者: Lang, S. / Fletcher, D.A. / Petit, A.P. / Luise, N. / Fyfe, P. / Zuccotto, F. / Porter, D. / Hope, A. / Bellany, F. / Kerr, C. / Mackenzie, C.J. / Wyatt, P.G. / Gray, D.W.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Application of an NMR/crystallography fragment screening platform for the assessment and rapid discovery of new HIV-CA binding fragments
著者: Lang, S. / Fletcher, D.A. / Petit, A.P. / Luise, N. / Fyfe, P.K. / Zuccotto, F. / Porter, D. / Hope, D. / Bellany, F. / Kerr, C. / MacKenzie, C.J. / Wyatt, P. / Gray, D.W.
履歴
登録2023年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spacer peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8204
ポリマ－25,4611
非ポリマー3583
水4,288238
1
A: Spacer peptide 1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,91824
ポリマ－152,7686
非ポリマー2,15018
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area17870 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area62330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.610, 90.610, 56.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Spacer peptide 1 / SP1 / p2


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-WVU / (phenylmethyl) 3-oxidanylidenepiperazine-1-carboxylate


分子量: 234.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→45.31 Å / Num. obs: 51571 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.38→1.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1712 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 63.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.38→45.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20299 2541 4.9 %RANDOM
Rwork0.17659 ---
obs0.17796 49028 94.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.15 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.38→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 25 238 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0191941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1781.9722647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.71134231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9685250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.86425.0683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00915342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.8071512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.7282.756970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other11.7252.752969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.2924.1081230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.2934.1111231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.093.113971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.0863.114972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.8474.4991418
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.71333.3412240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.77132.5312178
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 107 -
Rwork0.313 2506 -
obs--64.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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