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- PDB-8qu7: Crystal structure of the Plasmodium falciparum Apical membrane an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qu7
タイトルCrystal structure of the Plasmodium falciparum Apical membrane antigen (AMA1) in complex with single domain i-body WD34
要素
  • Apical membrane antigen 1
  • single domain i-body WD34
キーワードPROTEIN BINDING / Plasmodium / AMA1 / i-body
機能・相同性Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / membrane / Apical membrane antigen 1
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Maddumage, J.C. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A broadly cross-reactive i-body to AMA1 potently inhibits blood and liver stages of Plasmodium parasites.
著者: Angage, D. / Chmielewski, J. / Maddumage, J.C. / Hesping, E. / Caiazzo, S. / Lai, K.H. / Yeoh, L.M. / Menassa, J. / Opi, D.H. / Cairns, C. / Puthalakath, H. / Beeson, J.G. / Kvansakul, M. / ...著者: Angage, D. / Chmielewski, J. / Maddumage, J.C. / Hesping, E. / Caiazzo, S. / Lai, K.H. / Yeoh, L.M. / Menassa, J. / Opi, D.H. / Cairns, C. / Puthalakath, H. / Beeson, J.G. / Kvansakul, M. / Boddey, J.A. / Wilson, D.W. / Anders, R.F. / Foley, M.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: A broadly cross-reactive i-body to AMA1 potently inhibits blood and liver stages of Plasmodium parasites
著者: Foley, M. / Angage, D. / Anders, R. / Chmielewski, J. / Maddumage, J.C. / Hesping, E. / Caiazzo, S. / Lai, K.H. / Yeoh, L. / Opi, H. / Cairns, C. / Beeson, J. / Kvansakul, M. / Wilson, D. / Boddey, J.
履歴
登録2023年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Apical membrane antigen 1
A: single domain i-body WD34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6455
ポリマ－55,2662
非ポリマー3793
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.651, 38.462, 227.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 EA

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1 / Merozoite surface antigen


分子量: 41462.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: AMA-1, PF83 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P22621
#2: タンパク質 single domain i-body WD34


分子量: 13803.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 68分子

#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1MSodium HEPES pH7.5 70% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.45 Å / Num. obs: 19822 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.06 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 2335 / CC1/2: 0.864

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→38.45 Å / SU ML: 0.261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9909
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 1010 5.15 %
Rwork0.2132 18598 -
obs0.2143 19608 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2905 0 24 65 2994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00282997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60294079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.86421075
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.26341220.24872671X-RAY DIFFRACTION99.93
2.74-2.910.31081470.2472595X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.130.25691500.2362617X-RAY DIFFRACTION99.82
3.13-3.450.23581190.20612661X-RAY DIFFRACTION99.93
3.45-3.950.20391630.19622620X-RAY DIFFRACTION99.96
3.95-4.970.19561480.18062672X-RAY DIFFRACTION99.89
4.97-38.450.25321610.22982762X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.0160550045 Å / Origin y: -6.6041637606 Å / Origin z: -40.7436801463 Å
111213212223313233
T0.260880556551 Å20.0146250334475 Å20.0271787532271 Å2-0.26588220804 Å2-0.0100537422245 Å2--0.331682356707 Å2
L1.93265769579 °2-0.333190331649 °20.537488285235 °2-1.10100701922 °2-0.263667545032 °2--1.28120084285 °2
S-0.0381927189974 Å °-0.342292420291 Å °0.00607039452183 Å °0.24587764691 Å °0.0408655808053 Å °-0.0496212038567 Å °-0.0203007971813 Å °0.0499983219918 Å °-0.00913683813334 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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