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- PDB-8qu2: NF-YB/C Heterodimer in Complex with a 16-mer NF-YA-derived Peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qu2
タイトルNF-YB/C Heterodimer in Complex with a 16-mer NF-YA-derived Peptide Stabilized with C8-Hydrocarbon Linker
要素(Nuclear transcription factor Y subunit ...) x 3
キーワードTRANSCRIPTION / Peptidometic inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / protein-DNA complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process ...CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / protein-DNA complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process / protein folding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : ...CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Nuclear transcription factor Y subunit alpha / Nuclear transcription factor Y subunit beta / Nuclear transcription factor Y subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Durukan, C. / Arbore, F. / Klintrot, C.I.R. / Grossmann, T.N. / Hennig, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Binding Dynamics of a Stapled Peptide Targeting the Transcription Factor NF-Y.
著者: Durukan, C. / Arbore, F. / Klintrot, R. / Bigiotti, C. / Ilie, I.M. / Vreede, J. / Grossmann, T.N. / Hennig, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear transcription factor Y subunit alpha
B: Nuclear transcription factor Y subunit beta
C: Nuclear transcription factor Y subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5358
ポリマ－24,1963
非ポリマー3385
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Fluorescence Polarization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.080, 51.460, 72.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Nuclear transcription factor Y subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質・ペプチド Nuclear transcription factor Y subunit alpha / CAAT box DNA-binding protein subunit A / Nuclear transcription factor Y subunit A / NF-YA


分子量: 2061.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Stapled peptide inhibitor / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23511
#2: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit beta / CAAT box DNA-binding protein subunit B / Nuclear transcription factor Y subunit B / NF-YB


分子量: 10876.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFYB, HAP3 / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25208
#3: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit gamma / CAAT box DNA-binding protein subunit C / Nuclear transcription factor Y subunit C / NF-YC / ...CAAT box DNA-binding protein subunit C / Nuclear transcription factor Y subunit C / NF-YC / Transactivator HSM-1/2


分子量: 11258.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFYC / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13952

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非ポリマー , 4種, 144分子

#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.1 % / 解説: 100x50 micron rod shaped.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Morpheus Buffer system 3 pH 9.0, 30% (v/v) Morpheus Precipitant mix 1, 100 mM Morpheus Carboxylic acids.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→19.86 Å / Num. obs: 30704 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 19.07 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05264 / Rpim(I) all: 0.01496 / Rrim(I) all: 0.05476 / Net I/σ(I): 25.42
反射 シェル解像度: 1.45→1.502 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique obs: 3024 / CC1/2: 0.911 / CC star: 0.976 / Rpim(I) all: 0.2149 / Rrim(I) all: 0.7769 / % possible all: 99.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
GDAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→19.86 Å / SU ML: 0.1193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.2793
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1719 1577 5.14 %
Rwork0.1404 29127 -
obs0.142 30704 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 22 139 1649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87792238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0829251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7206241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.24681210.16662601X-RAY DIFFRACTION99.74
1.49-1.550.18631440.14112611X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.610.19331600.13242618X-RAY DIFFRACTION99.96
1.61-1.680.1821490.12512582X-RAY DIFFRACTION99.89
1.68-1.770.19491420.12892613X-RAY DIFFRACTION99.96
1.77-1.880.15981370.12752643X-RAY DIFFRACTION100
1.88-2.030.1671430.11992626X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.230.17581310.12132658X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.550.16321560.13762654X-RAY DIFFRACTION100
2.55-3.220.17921370.15332714X-RAY DIFFRACTION100
3.22-19.860.16241570.14832807X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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