PDB-8qty: LytR LCP domain from Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qty

タイトル

LytR LCP domain from Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae

要素

Biofilm regulatory protein

キーワード

TRANSFERASE / LytR-CpsA-Psr / Wall teichoic acids

機能・相同性

: / Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / Biofilm regulatory protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus dysgalactiae subsp. dysgalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Paquete-Ferreira, J. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2024
タイトル: Structural insights of an LCP protein-LytR-from Streptococcus dysgalactiae subs. dysgalactiae through biophysical and in silico methods.
著者: Paquete-Ferreira, J. / Freire, F. / Fernandes, H.S. / Muthukumaran, J. / Ramos, J. / Bryton, J. / Panjkovich, A. / Svergun, D. / Santos, M.F.A. / Correia, M.A.S. / Fernandes, A.R. / Romao, M. ...

履歴

登録	2023年10月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qty.cif.gz	279.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qty.ent.gz	177.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDTG2associated SAS data SASBDB: SASDTH2associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Biofilm regulatory protein

ヘテロ分子

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.271, 141.271, 133.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-525- HOH

#1: タンパク質	Biofilm regulatory protein / LytR / BrpA 分子量: 33664.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus dysgalactiae subsp. dysgalactiae (バクテリア) 株: VSD9 / 遺伝子: lytR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7LTX5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.18 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulphate 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.608 Å / Num. obs: 16955 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 2436 / CC_1/2: 0.666

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→48.608 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / WR_factor R_free: 0.291 / WR_factor R_work: 0.263 / SU B: 37.551 / SU ML: 0.324 / Average fsc free: 0.9284 / Average fsc work: 0.9377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.303 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2927	895	5.279 %
R_work	0.2714	16060	-
all	0.272	-	-
obs	-	16955	99.776 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.932 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.932 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.865 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2076	0	15	25	2116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0	0.01	7919
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.968	1.654	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.623	1.572	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.143	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.605	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.182	10	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.352	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.225	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.722	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.517	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.691	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.044	5.429	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.044	5.429	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.689	9.809	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.687	9.809	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.661	5.69	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.678	5.686	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.475	10.442	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.5	10.434	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.437	68.047	8808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.437	68.044	8808

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.8-2.873	0.401	81	0.378	1140	0.38	1223	0.874	0.885	99.8365	0.361
2.873-2.951	0.354	74	0.355	1130	0.355	1205	0.896	0.904	99.917	0.339
2.951-3.036	0.37	53	0.352	1103	0.353	1157	0.914	0.912	99.9136	0.324
3.036-3.129	0.364	64	0.34	1071	0.341	1135	0.915	0.922	100	0.307
3.129-3.231	0.279	52	0.314	1059	0.312	1112	0.948	0.934	99.9101	0.277
3.231-3.344	0.287	75	0.324	989	0.321	1065	0.942	0.93	99.9061	0.294
3.344-3.47	0.356	62	0.305	959	0.308	1021	0.91	0.939	100	0.275
3.47-3.611	0.365	50	0.28	950	0.285	1000	0.923	0.952	100	0.257
3.611-3.77	0.281	38	0.297	917	0.296	956	0.936	0.939	99.8954	0.275
3.77-3.953	0.305	51	0.279	861	0.28	915	0.929	0.947	99.6721	0.265
3.953-4.166	0.214	30	0.246	857	0.245	888	0.972	0.961	99.8874	0.234
4.166-4.416	0.249	56	0.249	767	0.249	824	0.962	0.961	99.8786	0.241
4.416-4.718	0.25	41	0.221	730	0.223	773	0.961	0.969	99.7413	0.221
4.718-5.092	0.258	31	0.23	714	0.231	746	0.96	0.966	99.866	0.234
5.092-5.572	0.348	31	0.274	641	0.277	675	0.921	0.955	99.5556	0.278
5.572-6.22	0.387	29	0.306	587	0.31	618	0.943	0.945	99.6764	0.311
6.22-7.163	0.319	22	0.272	528	0.274	556	0.937	0.956	98.9209	0.276
7.163-8.725	0.307	21	0.236	453	0.239	477	0.927	0.966	99.3711	0.26
8.725-12.145	0.193	20	0.194	372	0.194	393	0.981	0.977	99.7455	0.216
12.145-48.608	0.265	14	0.344	232	0.339	247	0.975	0.934	99.5951	0.352

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.7071 Å / Origin y: -27.784 Å / Origin z: -18.4244 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.17 Å²	-0.0759 Å²	-0.0937 Å²	-	0.0798 Å²	0.0004 Å²	-	-	0.1695 Å²
L	5.0681 °²	-0.8968 °²	0.1769 °²	-	2.7598 °²	0.2493 °²	-	-	1.135 °²
S	-0.0727 Å °	0.035 Å °	-0.1776 Å °	0.0166 Å °	0.182 Å °	0.0527 Å °	0.2897 Å °	-0.0409 Å °	-0.1093 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	57 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	1		A	401 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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