PDB-8qto: CRYSTAL STRUCTURE OF HOLO-L28H-FNR OF A. FISCHERI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qto

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HOLO-L28H-FNR OF A. FISCHERI

要素

FNR type regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / oxygen sensor / labile dimer / O2 resistance / NO sensitive

機能・相同性

機能・相同性情報

2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aliivibrio fischeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Inorganics (Basel) / 年: 2023
タイトル: Probing the Reactivity of [4Fe-4S] Fumarate and Nitrate Reduction (FNR) Regulator with O2 and NO: Increased O2 Resistance and Relative Specificity for NO of the [4Fe-4S] L28H FNR Cluster
著者: Crack, J.C. / Amara, P. / de Rosny, E. / Darnault, C. / Stapleton, M.R. / Green, J. / Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2023年10月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qto.cif.gz	134.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qto.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qto.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qto_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qto_full_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示
XML形式データ	8qto_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	8qto_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/8qto	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1058 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (11) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: FNR type regulator

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FNR type regulator

ヘテロ分子

A: FNR type regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.200, 75.200, 217.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	FNR type regulator 分子量: 29248.387 Da / 分子数: 1 / 変異: L28H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri (バクテリア) 遺伝子: fnr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70ET4
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: MPD, HEPES, anaerobic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.77 Å / Num. obs: 12709 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 76.49 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.48 Å / R_merge(I) obs: 3.408 / Num. unique obs: 1205 / CC_1/2: 0.449

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→47.77 Å / SU ML: 0.5477 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.7886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	568	4.49 %
R_work	0.198	12078	-
obs	0.1993	12646	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1835	0	40	83	1958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	1907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5725	2579
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0027	326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.4072	717

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.64	0.4532	157	0.4146	2877	X-RAY DIFFRACTION	97.81
2.64-3.02	0.3406	128	0.284	3001	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.02-3.81	0.2511	146	0.2188	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.81-47.77	0.1785	137	0.1617	3203	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.51398686626	-0.460501479704	-0.401667042389	0.45542363065	0.753419696462	1.17681166012	-0.743804687509	-1.70697103668	-0.0192567763621	1.15828682994	0.931562091497	-1.22920326993	-0.575402598241	0.687353120574	0.00196966431414	1.10590127866	0.233971005115	-0.145449879125	1.66872475099	0.0680539097704	0.948206106602	-20.4574853673	-5.53561079306	-11.7122467862
2	3.7745575303	-0.924054104011	-3.32309897513	2.96527134868	0.938409741244	4.13164762461	-0.338025038377	-0.37562366512	-1.1563306333	0.51074301584	0.0248312886075	0.084585367782	0.521773427812	0.0263110522608	-0.00034129428751	0.703174685385	0.0366577278573	0.0396456608896	0.746903394362	0.106887739877	0.875861243558	-29.7642359952	-13.562382601	-27.606054605
3	4.20366899671	-1.51990175768	0.323578978281	1.30637790314	1.21990010483	1.67210268084	-0.566981579781	-1.04295670776	0.238052961376	0.575374878439	0.341138005271	-0.0321974692872	-0.382532285828	-0.155745092987	0.000117541762207	0.671592563289	0.0599154012221	-0.0913917733167	1.03268787756	-0.0160626807461	0.670001834853	-33.559096806	0.315366086977	-21.1541372852
4	8.5966961037	1.09065804621	-0.628272599142	6.64925838628	-0.0491518481765	4.37234041023	0.0223409520265	0.340350308168	0.406027419386	-0.333400776978	-0.277342316255	-0.0744922478132	0.035087646751	-0.299673971394	-0.000112917495774	0.606923292957	0.0406577628418	-0.0277053773841	0.616879901096	-0.00664106788783	0.639166738124	-19.7025332899	1.4774027746	-42.5612033495

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and ((resid 17 through 48 )	A - B	17 - 48	1
2	2	chain 'A' and (resid 49 through 125 )	A	49 - 125	33 - 109
3	3	chain 'A' and (resid 126 through 164 )	A	126 - 164	110 - 148
4	4	chain 'A' and (resid 165 through 250 )	A	165 - 250	149 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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