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- PDB-8qth: Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qth
タイトルCrystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 8)
要素E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
キーワードLIGASE / E3 Ubiquitin ligase / allosteric inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / NLS-bearing protein import into nucleus / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of protein ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / NLS-bearing protein import into nucleus / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of protein ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein catabolic process / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / T cell receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / immune response / membrane raft / calcium ion binding / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Ubiquitin associated domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WX0 / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Schimpl, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery, Optimization, and Biological Evaluation of Arylpyridones as Cbl-b Inhibitors.
著者: Mfuh, A.M. / Boerth, J.A. / Bommakanti, G. / Chan, C. / Chinn, A.J. / Code, E. / Fricke, P.J. / Giblin, K.A. / Gohlke, A. / Hansel, C. / Hariparsad, N. / Hughes, S.J. / Jin, M. / Kantae, V. / ...著者: Mfuh, A.M. / Boerth, J.A. / Bommakanti, G. / Chan, C. / Chinn, A.J. / Code, E. / Fricke, P.J. / Giblin, K.A. / Gohlke, A. / Hansel, C. / Hariparsad, N. / Hughes, S.J. / Jin, M. / Kantae, V. / Kavanagh, S.L. / Lamb, M.L. / Lane, J. / Moore, R. / Puri, T. / Quinn, T.R. / Reddy, I. / Robb, G.R. / Robbins, K.J. / Gancedo Rodrigo, M. / Schimpl, M. / Singh, B. / Singh, M. / Tang, H. / Thomson, C. / Walsh, J.J. / Ware, J. / Watson, I.D.G. / Ye, M.W. / Wrigley, G.L. / Zhang, A.X. / Zhang, Y. / Grimster, N.P.
履歴
登録2023年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4055
ポリマ－45,8101
非ポリマー5954
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.650, 74.920, 98.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B


分子量: 45809.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13191
#2: 化合物 ChemComp-WX0 / 1-methyl-5-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-(trifluoromethyl)-7H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-one


分子量: 441.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22F3N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→45.69 Å / Num. obs: 22360 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.501 / Num. measured all: 20477 / Num. unique obs: 1559 / CC1/2: 0.818 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 1.561 / Χ2: 0.7 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (26-JUL-2023)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.198→41.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.275 / SU Rfree Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 1116 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.2249 22311 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.449 Å20 Å20 Å2
2--21.4185 Å20 Å2
3----9.9695 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.198→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3121 0 35 14 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083233HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.894381HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1130SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes544HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3233HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion412SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2488SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.21 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3916 -4.92 %
Rwork0.4178 425 -
all0.4163 447 -
obs--91.19 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.0347 Å / Origin y: 15.8676 Å / Origin z: 29.033 Å
111213212223313233
T-0.0518 Å20.0362 Å20.0437 Å2--0.1453 Å20.0154 Å2---0.2408 Å2
L0.9937 °20.7304 °2-0.5574 °2-3.9729 °20.1066 °2--2.8869 °2
S0.2099 Å °0.0985 Å °-0.042 Å °-0.047 Å °-0.1009 Å °0.0438 Å °-0.3032 Å °-0.0833 Å °-0.109 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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