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- PDB-8qso: Crystal structure of human Mcl-1 in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qso
タイトルCrystal structure of human Mcl-1 in complex with compound 1
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードTRANSFERASE / Mcl-1 / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / maltose binding ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / negative regulation of autophagy / cell chemotaxis / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.106 Å
データ登録者Hekking, K.F.W. / Gremmen, S. / Maroto, S. / Keefe, A.D. / Zhang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent Mcl-1 Inhibitors: Structural Investigations on Macrocycles Originating from a DNA-Encoded Chemical Library Screen.
著者: Hekking, K.F.W. / Maroto, S. / van Kekem, K. / Haasjes, F.S. / Slootweg, J.C. / Oude Alink, P.G.B. / Dirks, R. / Sardana, M. / Bolster, M.G. / Kuijpers, B. / Smith, D. / Doodeman, R. / ...著者: Hekking, K.F.W. / Maroto, S. / van Kekem, K. / Haasjes, F.S. / Slootweg, J.C. / Oude Alink, P.G.B. / Dirks, R. / Sardana, M. / Bolster, M.G. / Kuijpers, B. / Smith, D. / Doodeman, R. / Scheepstra, M. / Zech, B. / Mulvihill, M. / Renzetti, L.M. / Babiss, L. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Guie, M.A. / Sigel, E. / Habeshian, S. / Hupp, C.D. / Liu, J. / Thomson, H.A. / Zhang, Y. / Keefe, A.D. / Muller, G. / Gremmen, S.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4563
ポリマ－57,3111
非ポリマー1,1452
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.528, 90.804, 94.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L- ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 57310.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MBP-MCL1 fusion protein as in PDB entry 4WGI. The construct contains (N-terminus to C-terminus): (1) a Gly residue; (2) residues K27-T392 of E. coli malE (P0AEY0); (3) a Gly-Ser linker; (4) ...詳細: MBP-MCL1 fusion protein as in PDB entry 4WGI. The construct contains (N-terminus to C-terminus): (1) a Gly residue; (2) residues K27-T392 of E. coli malE (P0AEY0); (3) a Gly-Ser linker; (4) residues E173-V321 of H. sapiens MCL1 (Q07820) and the mutations K194A, K197A and R201A,MBP-MCL1 fusion protein as in PDB entry 4WGI. The construct contains (N-terminus to C-terminus): (1) a Gly residue; (2) residues K27-T392 of E. coli malE (P0AEY0); (3) a Gly-Ser linker; (4) residues E173-V321 of H. sapiens MCL1 (Q07820) and the mutations K194A, K197A and R201A
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q07820
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-WXW / (13S,16R,19S)-16-benzyl-43-ethoxy-N-methyl-7,11,14,17-tetraoxo-13-phenyl-5-oxa-2,8,12,15,18-pentaaza-1(1,4),4(1,2)-dibenzena-9(1,4)-cyclohexanacycloicosaphane-19-carboxamide / 4-O-BETA-METHYL-D-GLUCOPYRANOSYL CELLOBIONOLACTAM OXIME


分子量: 802.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H54N6O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.94 M Ammonium Citrate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.106→28.217 Å / Num. obs: 37579 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.106→2.182 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3776 / CC1/2: 0.577 / Rpim(I) all: 0.521 / Rrim(I) all: 0.984 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
autoPROC1.1.7 20230222data processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
STARANISO2.3.92データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.106→28.217 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.003 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 1888 5.088 %
Rwork0.208 35222 -
all0.21 --
obs-37110 96.04 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.06 Å2-0 Å20 Å2
2--3.586 Å2-0 Å2
3----0.525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.106→28.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4043 0 82 332 4457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0124233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8971.6735738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3141.69289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8115519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.614519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91110713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.34210186
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1790.23753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1390.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1350.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2090.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0174.8222078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0114.8222076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3328.6682596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3278.6692596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3425.0862155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3415.0862156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0689.2043142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0689.2033143
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.54549.8165031
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.50747.9674984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.106-2.1610.3711300.3562388X-RAY DIFFRACTION89.3859
2.161-2.220.3441610.3362421X-RAY DIFFRACTION94.7871
2.22-2.2830.351190.3742453X-RAY DIFFRACTION96.7645
2.283-2.3530.3271270.3112400X-RAY DIFFRACTION98.9428
2.353-2.430.3491380.2932353X-RAY DIFFRACTION99.0851
2.43-2.5140.281220.2652283X-RAY DIFFRACTION98.8085
2.514-2.6090.3361070.2482177X-RAY DIFFRACTION97.1501
2.609-2.7140.281110.2442071X-RAY DIFFRACTION96.4207
2.714-2.8340.2891110.2441972X-RAY DIFFRACTION95.2011
2.834-2.970.313850.2331922X-RAY DIFFRACTION96.1207
2.97-3.1290.304980.2321851X-RAY DIFFRACTION98.2854
3.129-3.3170.2691000.2091751X-RAY DIFFRACTION98.4575
3.317-3.5420.264860.1931650X-RAY DIFFRACTION97.4186
3.542-3.8210.183810.1731530X-RAY DIFFRACTION96.9314
3.821-4.1780.201700.1671414X-RAY DIFFRACTION96.4889
4.178-4.6580.165680.1411276X-RAY DIFFRACTION95.3868
4.658-5.3550.195560.1411093X-RAY DIFFRACTION91.9936
5.355-6.50.253470.184969X-RAY DIFFRACTION93.5543
6.5-8.9580.214420.158770X-RAY DIFFRACTION93.7644
8.958-28.2170.175290.16478X-RAY DIFFRACTION90.5357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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