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- PDB-8qrz: Microbacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qrz
タイトルMicrobacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type
要素Sugar phosphate isomerase
キーワードLYASE / bacterial C-glucosyl deglycosidase / C-C bond cleavage / C-glucosyl flavonoids / Microbacterium testaceum NS220 / plant endosymbiont / N-terminal DUF6379 beta-sandwich domain / C-terminal TIM barrel domain / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF6379 / C-glycoside deglycosidase beta subunit / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RUBIDIUM ION / C-deglycosylation enzyme beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Microbacterium testaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Furlanetto, V. / Kalyani, D.C. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Other governmentFormas 2017-00983 スウェーデン
Other privateOscar and Lili Lamm Memorial Foundation DO2017-0020 スウェーデン
Other governmentVR 2017-03877 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Microbacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type
著者: Furlanetto, V. / Kalyani, D.C. / Srivastava, V. / Hallberg, B.M. / Ezcurra, I. / Divne, C.
履歴
登録2023年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar phosphate isomerase
B: Sugar phosphate isomerase
C: Sugar phosphate isomerase
D: Sugar phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,4148
ポリマ－195,0734
非ポリマー3424
水6,738374
1
A: Sugar phosphate isomerase
B: Sugar phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7074
ポリマ－97,5362
非ポリマー1712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area32820 Å2
手法PISA
2
C: Sugar phosphate isomerase
D: Sugar phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7074
ポリマ－97,5362
非ポリマー1712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.220, 80.410, 82.960
Angle α, β, γ (deg.)90.17, 94.39, 106.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Sugar phosphate isomerase


分子量: 48768.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbacterium testaceum (バクテリア)
遺伝子: NS220_14145 / Variant: NS220 / プラスミド: pNIC-CTHO / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)-T1 / 参照: UniProt: A0A147EV52
#2: 化合物
ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M PIPES pH 7.0, 25% (w/v) PEGSH (PEG SMEAR HIGH), 0.1 M rubidium(I) chloride, 0.1 M magnesium(II) formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.61992 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.61992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.29 Å / Num. obs: 128896 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 31.55 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.034 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 17550 / CC1/2: 0.458 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.91 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 33.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2899 2011 1.56 %Random selection
Rwork0.2365 ---
obs0.2373 128873 98.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13760 0 4 374 14138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98419300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1771920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.38681540.34839015X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.110.39231410.33319120X-RAY DIFFRACTION99
2.11-2.170.35651400.31279037X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.240.38491400.30619143X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.320.33141450.29189027X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.410.35381470.28049052X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.520.32811440.27119129X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.650.33341230.26459037X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.820.3191560.26259093X-RAY DIFFRACTION99
2.82-3.040.30631350.26099080X-RAY DIFFRACTION99
3.04-3.340.31781440.24239078X-RAY DIFFRACTION99
3.34-3.820.27821470.21628994X-RAY DIFFRACTION98
3.82-4.820.21911530.17439048X-RAY DIFFRACTION99
4.82-39.910.22481420.19299009X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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